نماینده امام (ره) در شورای عالی دفاع
حضرت  امام خمینی (ره) پس از شکل گیری شورای عالی دفاع ،  مرحوم آیت الله هاشمی رفسنجانی به عنوان یکی از نمایندگان  در این شورا برگزیده شد. حضور او در شورای عالی دفاع موجب شده بود تا وی با واقعیات مسائل سیاسی و صحنه واقعی جنگ به طور مستمر درگیر باشد و مشکلات رزمندگان و مدافعین جبهه ها را بهتر درک کند. بنابراین هم در مذاکرات با هیئت های مختلف سیاسی خارجی در باره جنگ حضور فعال داشت و هم برای پیروزی رزمندگان در صحنه های عملیات، پشتیبانی های لازم قانونی و بودجه ای و تدارکاتی را از موضع رئیس مجلس شورای اسلامی انجام می داد.

تداوم جنگ
اما نقش مهم تر هاشمی از لحظه فتح خرمشهر در سوم خرداد 1361 به بعد و در تداوم جنگ نمایان می شود. در تصمیم گیری برای چگونگی ادامه جنگ پس از فتح خرمشهر، او از کسانی است که معتقد به داشتن دست بالاتر نسبت به عراق برای خاتمه دادن به جنگ از طریق "مذاکره سیاسی" است. گرچه وی معتقد است که نظامیان، بویژه مرحوم تیمسار قاسمعلی ظهیرنژاد رئیس ستاد مشترک ارتش، امام را در دو جلسه شورای عالی دفاع که پس از فتح خرمشهر در محضر امام خمینی منعقد شد،قانع به عبور از مرز تا پدافند در ساحل اروندرود کردند ولی هاشمی رفسنجانی رسیدن به این مانع طبیعی دفاعی را امکانی برای یافتن موقعیت نظامی برتر نسبت به ارتش عراق برای پایان دادن شرافت آمیز به جنگ تحمیلی از طریق"مذاکره" و "مصالحه"و "تحمیل شرایط ایران" بر صدام بعثی می دانست. لازم به ذکر است که در جلسه شورای عالی دفاع، استدلال رئیس ستاد مشترک ارتش این بود که "مرز یک بیابان است و نمی توان هزاران رزمنده را در آن نگاه داشت. باید تا کنار رودخانه اروندکه یک مانع طبیعی است پیشروی کرد تا بتوان با نیروی کمی در برابر ارتش متجاوز بعثی پدافند کرد".فرمانده کل سپاه نیزاستدلال تیمسار ظهیرنژاد را تایید کرد و اضافه کرد که شهرهای خرمشهر و آبادان با فاصله 500 متر از خط مقدم دشمن زیر آتش خمپاره های ارتش عراق هستند و توقف ما در مرز که متکی بر هیچ عارضه ای نیست، اجازه دفاع از کشور را نمی دهد.

فرماندهی جنگ
بعد از عملیات رمضان مرحوم هاشمی رفسنجانی به صحنه های عملیاتی نزدیک تر شد. از آنجا که فرماندهان ارتش و سپاه، بسیاری از مشکلات و معضلات خود را برای هاشمی به عنوان فردی نزدیک به امام خمینی مطرح می کردند، او در پی هماهنگی بیشتر بین این دو نهاد نظامی برآمد. بعداز عملیات والفجر مقدماتی، امام خمینی (ره) طی حکمی در 30 بهمن ماه سال 1362 مرحوم هاشمی رفسنجانی را به سمت فرمانده عملیات های موسوم به والفجر و در واقع فرماندهی جنگ منصوب کردند. با صدور این حکم، هاشمی رفسنجانی قرارگاه خاتم الانبیاء را تشکیل داد و حضور بیشتری در مناطق عملیاتی پیدا کرد

هاشمی رفسنجانی در اثنای جنگ با توجه به "واقعیات صحنه عملیات" و شناختی که از "قابلیت ها و توان خودی" و نیز "توان و ظرفیت های ارتش عراق"بدست آورده بود، و با توجه به "حمایتی" که قدرت های بزرگ و بویژه کشورهای پولدار عربی مثل عربستان از صدام حسین می کردند، یک تعریف عملیاتی از شعار "جنگ جنگ تا پیروزی"که امام خمینی به دنبال آن بود، ارائه داد و به دنبال "کوتاه کردن دوران جنگ" و پایان دادن به مخاصمه بود.هاشمی"پیروزی" را تصرف یک منطقه استراتژیک از خاک عراق مثل بصره یا مناطق نفت خیز جنوب عراق می دانست تا بتوان از موضع قدرت،باقیمانده سرزمین های ایران را آزاد کرد و جنگ را از طریق "مذاکره سیاسی"به پایان برد و راه را برای پیشرفت و آبادانی دو کشور باز کرد. با همین دیدگاه بود که ایشان از طرح ریزی عملیات خیبر و بدر که بر اساس آن، قوای ایران به کنار رودخانه دجله می رسیدند و چاه های نفت جزایر مجنون را در اختیار می گرفتند، استقبال کرد. رفسنجانی قبل از انجام عملیات بدر در سال 1363 در جمع فرماندهان ارتش و سپاه در قرارگاه مرکزی خاتم الانبیاء طی بیانات جامعی در نهایت مطالبی به این مضمون گفت: شما این عملیات را با موفقیت انجام دهید و راه بصره به بغداد را مسدود کنید، ما جنگ را پایان می دهیم. او همین استراتژی را تا آخر جنگ دنبال کرد و به دنبال انجام یک "عملیات سرنوشت ساز" بود تا بتواند جنگ را با دست بالا خاتمه دهد. مرحوم هاشمی رفسنجانی قصد داشت نظر امام خمینی را برای نیل به پیروزی، عملیاتی کند و از میزان خسارات جنگ بکاهد

تقویت بنیه دفاعی کشور
در تحقق بخشی به شعار "جنگ جنگ تا پیروزی"، مرحوم هاشمی رفسنجانی به تقویت بنیه دفاعی کشور و قدرت رزمی نیروهای مسلح همت گماشت. حضور ایشان به عنوان فرمانده جنگ این فرصت را پدید آورده بود تا هم با اصطلاحات نظامی و فرهنگ جبهه و هم با تاکتیک ها و تکنیک های عملیاتی آشنا شود و بهتر از هر کسی نیازهای میدان جنگ را درک کند. به همین دلیل بود که ایشان به تامین موشک های زمین به زمین و ساحل به دریا برای نیروهای مسلح روی آورد و موفق شد که با دوستی با کشورهایی مانند سوریه و لیبی تعداد معدودی موشک با اعزام آقای محسن رفیقدوست به این کشورها دریافت کند.

توسعه صنایع موشکی
مرحوم هاشمی رفسنجانی می دانست که با تعداد معدودی موشک نمی توان با قدرت هوایی و موشکی فزاینده عراق که متکی به منبع قدرت های بزرگ مثل روسیه و چین و فرانسه است، مقابله کرد، لذا بلافاصله صنایع موشکی سپاه و جهاد را با خلاقیت مهندسان برجسته ترین دانشگاه های ایران بنیانگذاری کرد و با در اختیار گذاشتن نمونه هایی از موشک های وارداتی، عملا تحقیقات برای تولید موشک های دوربرد در ایران آغاز شد
او همچنین از هر فرصتی برای بازسازی توان موشکی ایران بویژه موشک های ضد هوایی هاوک و نیز تامین قطعات هواپیماهای جنگنده استفاده می کرد.با این تلاش ها بود که مرحوم هاشمی توانست با توجه به نیاز آمریکایی ها و فرانسوی ها به آزاد سازی گروگان های خود در لبنان، مقادیر قابل توجهی قطعات و موشک هاوگ و نیز موشک تاو را در سال 1364 تهیه کند که اقدام موثری در ماجرای مک فارلین بود.
در چهار سال آخر جنگ، آقای هاشمی رفسنجانی به همراه سایر مسئولین کشور،ظرفیت کشور را با کمک و پشتیبانی دولت وقت به جبهه ها سرازیر کرد و توان نیروهای مسلح از جمله توان مهندسی جنگ را با کمک ستاد جنگ جهاد سازندگی تا حد امکان برای انجام عملیات های بزرگ در راستای تحقق اهداف ایران،بسیج کرد. در همین دوران بود که عملیات هایی مانند فتح فاو، کربلای 4 و شلمچه(کربلای5) و نیز عملیات والفجر10 از سال 1364 تا ابتدای سال 1367 با فرماندهی و پشتیبانی ایشان و با شجاعت و فداکاری های رزمندگان اسلام انجام شد.

جانشین فرمانده کل قوا
با گسترش جنگ و فراگیر شدن آن در حمله به شهرها و توسعه جنگ شیمیایی و افزایش حملات عراق به بنادر نفتی ایران و نفتکش ها در خلیج فارس، امام خمینی در 12 خرداد ماه سال 1367 آیت الله هاشمی رفسنجانی را به سمت "جانشین فرمانده کل قوا" با تمام اختیارات منصوب کرد تا ایشان بتواند تمامی امکانات دولت و نیروهای مسلح را در مقابله با ارتش بعثی عراق بکار گیرد. آقای هاشمی رفسنجانی به منظور درگیر کردن بیشتر دولت با مسائل جنگ، برخی از دولتمردان و وزرای دولت  را در مسئولیت های مختلف ستاد فرماندهی کل قوا بکار گرفت و به این واسطه توانست تمام ظرفیتهای ممکن را برای اداره ی جنگ بکار بگیرد