از جمله افرادی که آشنایی و شناخت خوبی از استاد مطهری داشته، از نزدیک شاهد فعالیتهای فکری و مجاهدتهای آن متفکر گرانقدر در مسیر معرفی دقیق و درست مکتب اسلام و مبارزه بی‌امان وی با جریانات انحرافی و التقاطی بوده، آیت‌الله هاشمی رفسنجانی است. او درباره حساسیت فوق‌العاده استاد مطهری در قبال نفوذ تفکرات غیراسلامی با نام و عنوان اسلامی می‌گوید: «مرحوم مطهری مثل یک پاسدار دقیق و نگهبان همیشه بیدار، مواظب بود که اگر غربزده‌ها، شرق‌زده‌ها و مارکسیستها بخواهند چیزی به نام اسلام وارد جریان فکری مسلمین کنند دفع نماید».

شخصیت ممتاز و موفق تاریخ اسلام
استاد شهید آیت‌الله مطهری از شخصیتهای ممتاز و موفق تاریخ اسلام است، هم در دوران زندگی و هم پس از شهادت. ممتاز از آن جهت که این همه آثار گرانبها بجای گذاشت و موفق از آن جهت که امکان تحصیل و اندیشیدن و تحقیق و درک معارف اسلام را تا سطح بالایی یافت، و از آن جهت که در دوران زندگی توانست از نفس گرم و سازنده اساتید بزرگی چون حضرت امام خمینی بهره بگیرد. من که از جوانی ایشان را به خوبی می‌شناختم و تا آخر عمر با ایشان بودم، رمز این توفیقات را در صفای باطن و حسن نیت و ژرف‌اندیشی ایشان می‌دانم که با این صفات از استعداد بسیار خوبی که خداوند در وجودش به ودیعه گذاشته بود به وجه شایسته‌ای استفاده کرد.

آیت‌الله هاشمی رفسنجانی (در رثای استاد، ص 25 و 26)

مکتب مجسّم
مرحوم مطهری جاذبه خوبی داشت. از نظر فکری، فکری کاملاً اسلامی و روشن داشت. افکار فلسفی و افکار اجتماعی‌اش کاملاً با هم منسجم بود. از مشخصات مکتب این است که پایه‌های ایدئولوژیک و فکری و جهان‌بینی داشته باشد، و مقررات و احکامش بر اساس آن تنظیم بشود و ایشان در وجودش، این را داشت؛ یعنی اول جهان را شناخته بود، براساس جهان‌شناسی خودش یک ایدئولوژی انتخاب کرده بود و روی آن ایدئولوژی خط‌مشی اجتماعی‌اش را تنظیم کرده بود، راه زندگی‌اش را براساس فکرش تنظیم کرده بود. بهترین تعبیری که می‌توانم بکنم این است که بگویم ایشان مکتب مجسّم بود.

آیت‌الله هاشمی رفسنجانی (سیمای استاد در آینه نگاه یاران، ص 59)

حساسیت در قبال انحراف عقیدتی
وقتی که منافقین ـ که به نام «مجاهدین» بودند ـ دستشان را رو کردند و نوشته‌های ایدئولوژیک آنها کم‌کم پخش شد، آقای مطهری بیش از همه ما حساسیت نشان داد و ما باید اعتراف کنیم ایشان بعد از امام بیش از همه حساسیت نشان داد. مرحوم مطهری در معرفی اینها به امام نقش داشتند و خودشان آنقدر حساسیت نشان دادند تا عملاً کنار کشیدند و آن وقت «مجاهدین» ایشان را متهم کردند به این که سازشکارند و اهل مبارزه نیستند و حال اینکه کنار کشیدن ایشان حساسیت ایشان را نشان می‌داد و مؤثر و مفید هم واقع شد و ایشان در آن موقع کار ایدئولوژیکشان را زیاد کردند و اثرش این بود که در سه چهار سال بعد حقانیت حرکت ایشان روشن شد و حرکت صحیح اسلامی دوباره از سال 54 رو به رشد رفت و کم‌کم خط امام تبلور یافت.

آیت‌الله هاشمی رفسنجانی (سیمای استاد در آینه نگاه یاران، ص 66 و 67)

پایه‌ریزی تفکر اسلامی خالص
آقای مطهری در آن سالهای مبارزه، زحماتی را که شاید 10-15 سال قبل کشیده بودند، در یک محیط مناسبی پخته کردند و تنظیم کردند و افکار را به قلم درآوردند و یا در سخنرانیهایشان ارائه کردند. ایشان شیوه تفکر اسلامی خالص را با اطلاعات و تحلیلهای دقیق علمی، آنهم تطبیقی، در ارتباط با فلسفه غرب و شرق، در ارتباط با جامعه‌شناسی وارداتی و چیزهایی از این قبیل پایه‌ریزی کرد که شاید یکی از عظیم‌ترین سرمایه‌های انقلاب و خط راستین انقلاب، آن نوشته‌ها و آن نکته‌ها و وجود خود ایشان و همان موضع‌گیری صحیح ایشان در شش ماه آخر پیروزی و چند ماه بعد از پیروزی انقلاب بود. باید سهم زیادی برای موفقیت خط راستین انقلاب و به اصطلاح جا افتادن خط امام، برای افکار آقای مطهری قائل بشویم و این یک چیز پایداری هم هست که آن نوشته‌ها و گفته‌ها و آثارشان در درازمدت به دست می‌دهد.

آیت‌الله هاشمی رفسنجانی (مصلح بیدار، ج 1 / ص 171 و 172)