در پنجمین اجلاس چهارمین دوره مجلس خبرگان رهبری، دو نفر برای ریاست بر مجلس خبرگان کاندیدا شدند که از میان 79 رای ماخوذه آیت الله هاشمی رفسنجانی با 51 رای به عنوان رئیس انتخاب شد و آیت الله یزدی 26 رای کسب کرد و 2 رای نیز ممتنع به گلدان ها ریخته شده بود.

همچنین آیت الله هاشمی شاهرودی با کسب 64 رای به عنوان نایب رئیس اول، آیت الله یزدی با کسب 56 رای نایب رئیس دوم انتخاب شدند.

حجت الاسلام والمسلمین دری نجف‌آبادی و حجت الاسلام والمسلمین سید احمد خاتمی نیز به عنوان منشی‌های هیئت رئیسه خبرگان انتخاب شدند.