ماجرای دستگیری فرزندان آیت الله طالقانی در سال 1358 به روایت آیت الله هاشمی رفسنجانیتاریخ 23/1/1358      در کش و قوس بحث‌هایی که بین موافقان و مخالفان محاکمه و اعدام هویدا در جریان بود، اقدام خودسرانه گروهی از افراد کمیته در دستگیری فرزندان آیت‌الله طالقانی ]به نامهای ابوالحسن و مجتبی، در تاریخ 23 فروردین  1358[، به بهانه ارتباط ایشان با گروههای سیاسی چپ، موجی از نگرانی و نارضایتی را به همراه آورد.     هر چند که اصل مسأله دستگیری این افراد با حضور و تلاش آقای مهدوی کنی ]سرپرست کمیته‌های انقلاب[ و آقای دکتر یزدی ]معاون نخست وزیر در امور انقلاب[، در همان روز، حل و فصل گردید و با آزادی آنها، کل قضیه فیصله یافت، اما خروج غیر منتظره آیت‌الله طالقانی از تهران و اعتراض قهرگونه وی به این حادثه و رفتن به نقطه نامعلومی که جز افراد خاص، کسی به ایشان دسترسی نداشته باشد، بهانه‌ای در دست گروههای سیاسی مخالف، به ویژه منافقین ]مجاهدین خلق[ و چپگراها داد که با برگزاری راهپیمایی و گردهمایی‌های متعدد، بر شدت برخورد با نیروهای انقلابی و ایجاد تنش و التهاب در جامعه بیفزایند.     امام بلافاصله دستور بررسی مسأله را دادند، و حاج احمد آقا برای دلجویی از آقای طالقانی از قم عازم تهران شد و با کشف محل انزوای آیت الله طالقانی خود را به ایشان رساند. خود من به حاج احمد آقا، تاکید کردم، در این روزها به صورت مرتب در کنار آقای طالقانی باشد و ایشان را ترک نکند. زیرا بیم آن داشتیم که منافقین دور ایشان جمع شوند و با ایجاد مسائل تازه، هیاهو و جنجال دیگری به پا شود.     طبیعی بود که موضوع در شورای انقلاب و دولت موقت هم مطرح شود و هر دو از وقوع این حادثه اظهار تاسف کرده و بر جلوگیری از تکرار آن تاکید کنند. در بحث و بررسی شورای انقلاب، اعضا، به سوء استفاده گروههای سیاسی چپ و منافقین از این حادثه اشاره داشتند و ضمن گلایه از آیت‌الله طالقانی، خواستار فیصله یافتن موضوع شدند. بازگشت آیت‌الله طالقانی و ملاقات ایشان با امام ]در تاریخ 29 فروردین  1358 [و سپس سخنرانی مفصل وی در مدرسه فیضیه قم خصوصآ آن قسمت که تاکید کرد : مخالفت با رهبری و شخص امام، مخالفت با دین اسلام است"  راه سوء استفادهبیشتر را بر منافقین و گروههای سیاسی مخالف بست.     با سخنان امام که در آن  ایشان تاکید کردند: کسانی که آرامش جامعه را به هم می‌ریزند از کشورهای خارجی بخصوص آمریکا دستور می‌گیرند اگر دستشان برسد سر آقای طالقانی را ]هم [می‌بُرند" و همچنین با اعلامیه شورای انقلاب که در آن با "تجلیل از آیت‌الله طالقانی"، "زندانهای بی‌ربط تقبیح و گروههای سیاسی فرصت طلب محکوم شده بودند" و به مردم هشدار داده شده بود که مراقب باشند "آلت دست نشوند"، شاهد عقب نشینی گروههای سیاسی و حاکم شدن آرامشی نسبی بر جامعه ملتهب آن روزها شدیم.     این مسأله یک بار دیگر و این بار با حضور خود آیت‌الله طالقانی در جلسه ]مورخ  6 اردیبهشت  1358[ شورای انقلاب مطرح شد. در آن جلسه برخی از اعضا از جمله خود من، با رعایت حال آیت‌الله طالقانی، برخی از انتقاداتی که به نحوه عمل ایشان وارد بود، مطرح کردیم و مجددآ خواستار تلاش دولت و نیروهای انقلابی برای جلوگیری از تکرار این گونه وقایع شدیم.منبع: کتاب هاشمی رفسنجانی، کارنامه و خاطرات 58-1357 ، انقلاب و پیروزی، زیر نظر عباس بشیری