جدای  از بحث چگونگی جریان انتخابات مجلس شورا، فرمان عفو عمومی امام، مهمترین خبر در این روزها بود. تا این تاریخ، امام چندین بار و هر بار به دلیلی خاص فرمان عفو داده بودند و این بار نیز به مناسبت آغاز سال نو، ]در تاریخ 28 اسفند  1358[، چنین کردند و در فرمانی که خطاب به رئیس جمهور و دادستان کل انقلاب صادر کردند، با بیان نقشه‌ای که برای "تضعیف روحانیت متعهد و تضعیف قوای انتظامی به اسم ساواکی و وابسته به رژیم پهلوی"، در جریان است، فرمودند: "من برای ... جلوگیری از این نقشه شوم و حفاظت کشور عزیز و اسلام بزرگ، کلیه قشرهایی که دستشان به خون بیگناهی آغشته نشده و امر به قتل نفوس نکرده و شکنجه‌گر نبوده و امر به شکنجه منتهی به قتل نکرده و از بیت‌المال و اموال مردم سوء استفاده ننموده، در آستانه سال جدید عفو عمومی نمودم، چه نظامی و چه سایر قوای انتظامی و چه ساواکی و چه روحانی‌نمای وابسته و پیوسته به رژیم سابق. از این تاریخ به بعد احدی حق تعرض به کسی را ندارد، نه مقامات مسئول و نه گروه غیر مسئول و جناب آقای رئیس جمهور موظف هستند که از این هرج و مرج موجود اکیدا با قوه قهریه جلوگیری نمایند و متخلفین را از هر قشری هستند به دست قانون بسپارند و جناب آقای قدوسی دادستان کل انقلاب موظف هستند که اشخاص متخلف را از هر طبقه هستند به دادگاه احضار و به وسیله آقای رئیس جمهور آنان را الزام به حضور و عدالت را درباره آنان اجرا کنند."

    بعد هم تاکید کردند: "باید تذکر دهم که این عفو و تخفیف، مشروط است به آنکه این اشخاص پس از عفو و آزادی، مرتکب اعمال سابق خود یا مشابه آن نشوند والا علاوه بر مجازات جرم فعلی، مجازات جرم سابق نیز اعاده می‌شود".

منبع: کتاب هاشمی رفسنجانی، کارنامه و خاطرات 58-1357 ، انقلاب و پیروزی، زیر نظر عباس بشیری