از من خواست به آنها بگویم، استعفا بدهند؛ نپذیرفتم. از این کار به‌آسانی نخواهند گذشت. شورای نگهبان را متهم خواهند کرد که تحت تأثیر جامعه مدرسین عمل‌کرده است. [رد صلاحیت شدگان] توسل به امام و آقای منتظری و دیگران هم خواهند کرد. (۱۳ فروردین ۶۳)

 ظهر، آقای [صادق] خلخالی [نماینده قم] به دفترم آمد؛ از اینکه شورای نگهبان، صلاحیت‌ایشان را رد کرده، خیلی ناراحت است. تصمیم به مقاومت دارد و حاضر نیست، استعفا دهد. (۱۵ فروردین ۶۳)

  احمد آقا گفت، آقایان [صادق] خلخالی و [سیدحسین] موسوی تبریزی ـ که صلاحیت نمایندگیشان را شورای نگهبان رد کرده است ـ گفته‌اند، خودمان را آتش می‌زنیم؛ لابد شوخی است. امام هم گفته‌اند، دخالت نخواهند کرد و فقط تا این حدگفته‌اند که شورای نگهبان، جلسه‌ای برای شنیدن دفاع آنها تشکیل دهد؛ چون ادعا کرده‌اند که دفاع ما را نشنیده و اتهام را ابلاغ نکرده‌اند. (۱۷ فروردین ۶۳)

  آقای  [احمد] جنتی از شورای نگهبان، تلفن زدند و از اینکه‌امام، حذف آقایان خلخالی و موسوی تبریزی را به مصلحت ندانسته‌اند و به اعضای شورای نگهبان هم اجازه ملاقات نداده‌اند، ناراحت بودند. از من کمک خواستند که ملاقات بگیرم؛ ساعتی‌بعد اطلاع دادند که تعقیب نکنم. دوباره عصر، آقای امامی کاشانی [عضو فقهای شورای نگهبان] خواستند که یا خودم مطالب آنها را به امام عرض کنم و یا اجازه ملاقات بگیرم؛ دومی را ترجیح‌دادم. تلفنی از احمدآقا خواستم، مشکل را رفع نمایند. برایشان وقت گرفتند. (۱۸ فروردین ۶۳)

 عصر، شورای مرکزی حزب [جمهوری اسلامی] جلسه داشت. بررسی وضع انتخابات وتبلیغات، وقت را گرفت. معلوم شد، شورای نگهبان از ملاقات با امام در مورد [رد صلاحیت] آقایان خلخالی و موسوی تبریزی نتیجه‌ای نگرفته است؛ بعضی‌ها از اینکه امام، مانع حذف آقایان‌خلخالی و موسوی تبریزی توسط شورای نگهبان شده‌اند، ناراحت بودند.

اول شب، با آقایان خامنه‌ای و ربانی املشی جلسه داشتیم. بیشتر در همین مورد صحبت کردیم. (۱۹ فروردین ۶۳)

 بعضی‌ها برای اعتراض نسبت به اعتبارنامه آقایان  [احمد] آذری [قمی] و [صادق] خلخالی نمایندگان قم آماده شده بودند که نوعاً نصیحت به تفاهم می‌کنم. (۲۴ خرداد ۶۳)

 به آقای [سیدحسین] موسوی تبریزی تلفن‌کردم و گفتم که آقای غفور [صادق] خلخالی را به زندان تهران منتقل کنند. (۲ تیر ۶۱)

  آقای [صادق] خلخالی برای نجات برادرش [غفورگیوی] از زندان کمک خواست. (۶ تیر ۶۱)

‼️آقای [صادق] خلخالی [نماینده قم] آمد. طالب واگذاری مسئولیت دادگاه زمان جنگ برای تنبیه متخلفین بود. گفتم همراه [آیت الله موسوی جزایری] امام جمعه اهواز، سری به یگان و قرارگاه‌ها بزنند و گزارشی بیاورند. (۲ مرداد ۶۷)

 در جلسه علنی، چند لایحه تصویب شد. آقای [صادق] خلخالی به انجمن حجتیه و آقای [محمود] حلبی [مؤسس انجمن حجتیه] که همه فعالیتهایشان را تعطیل کرده‌اند، حمله نمود (۱۱ مردادسال ۶۲)

 اعتبارنامه آقای [صادق] خلخالی [نماینده قم] مشکل داشت. بالاخره با پس گرفتن اعتراض از طرف معترضان، تصویب‌شده تلقی شد؛ نمایندگان نگران بودند که بحث درباره کارهای ایشان برای انقلاب، مضر باشد وسند بدست ضدانقلاب بدهد؛ نمایندگان در این دوره، این‌گونه ملاحظات را دارند. (۲۱ مرداد ۶۳)

خانم رشیدیان با معرفی‌اخوان مرعشی آمد و از حکم آقای خلخالی ـ در مورد مصادره خانه‌اش ـ تظلم داشت؛ طبق معمول‌نوشتم، مسئولان جلو ظلم را ـ اگر وجود دارد ـ بگیرند. (۲۲ شهریور ۶۳)

 آقای [صادق] خلخالی آمد و از درگیری با آمریکا اظهار نگرانی کرد (۲۱ مهرسال ۶۶)

  آقای  [محمد مهدی] ربانی  [املشی] راجع به اهانت‌هائی که آقای  [صادق] خلخالی [نماینده قم] در خاطرات سیاسی خود در روزنامه‌صبح آزادگان به ایشان و آقای [محمد] مؤمن و بعضی دیگر از اعضای جامعه مدرسین [حوزه علمیه‌قم] دارد، شاکی بود. توقع داشت که ما علاج کنیم؛ آقای [محمد] یزدی هم قبلاً شاکی بود. (۶ آبان ۶۳)

 آقای [صادق] خلخالی، [نماینده قم] آمد و از من و آقای خامنه‌ای به خاطر عدم حمایت از او در جریان انتخابات مجلس خبرگان گلایه کرد و برای مدرسه علمیه‌اش، [واقع در آستانه حضرت عبدالعظیم]، از آقای [محمدی] ری‌شهری گله نمود و استمداد کرد؛ تذکراتی دادم. (۱۴ آبان ۶۹)

  آقای  [محسن] رفیق‌دوست اطلاع داد که امروز در باختران، در جلسه‌ای از طرف بعضی ازپاسداران، به [محسن رضایی] فرمانده [سپاه پاسداران] اعتراض و اهانت شده است. آقای [صادق] خلخالی هم تلفنی، از قول پاسداری، همین خبر را نقل کرد و گفت در برنامه فردا هم می‌خواهند اعتراض کنند. این پاسداران دو سه شب پیش، به خود من هم گفتند که نصیحتشان کردم. به برکناری آقای عبدالوهاب از فرماندهی منطقه ۱۰ سپاه، اعتراض دارند و مدعی برخورد خطی اوهستند. (۲۵ آبان ۶۳)

در تنفس، مسأله پرخاش آقایان [هادی] غفاری و [صادق] خلخالی به آقای محمد خامنه‌ای مطرح گردید. (۱ دی ۶۴)

  در جلسه‌علنی، لایحه تعیین تکلیف اموال فراریان تصویب شد. به خاطر شلوغ‌کاری آقای خلخالی اوقات‌تلخی کردم. (۲۲ دی ۶۱)