همراهی در تاسیس بنیاد تعاون و رفاه اسلامی در سال ۱۳۴۶
سال ۱۳۴۶ با حضور عده‌ای از فعالین سیاسی که سبقه مشترک فعالیتهای جملگی آنان سیاسی – مذهبی بود و چهره‌های شاخصی نظیر محمدجواد باهنر،‌ اکبر هاشمی رفسنجانی و محمدعلی رجایی در میان آنها دیده‌می‌شد با کمک برخی از تجار تصمیم گرفتند در ظاهر برای رفع محرومیت و فقر، ولی در واقع برای انجام فعالیتهای فرهنگی و تربیت نسل جوان، موسسه خیریه «بنیاد تعاون رفاه اسلامی» را تاسیس کنند که نام آن تحت عنوان «موسسه فرهنگی و امداد رفاه» نیز ذکر شده‌است، یکی از جنبه‌های فعالیت موسسه مذکور کمک مالی به عده‌ای از خانواده‌های زندانیان سیاسی بود که دچار تنگناهای مالی بودند، محمدعلی رجایی در زمینه روند تاسیس و انگیزه موسسان بنیاد مذکور چنین گفته‌است:
«در سال ۱۳۴۶ که دوستان ما [اعضای هیئت‌های موتلفه] در زندان بودند، من و آقای فارسی و آقای باهنر بقایای هیئت موتلفه را اداره می‌کردیم............. جلساتی داشتیم تا این که کم‌کم برادران از جمله آقای هاشمی رفسنجانی از زندان بیرون آمدند............... کم‌کم یک سازمان جدید به وجود آمد، برای اینکه یک پوشش اجتماعی داشته باشد و کار سیاسی هم بکند به نام «بنیاد رفاه و تعاون اسلامی» نامیده شد .
تصمیم مشترک باهنر، رجایی و هاشمی برای گسترش مبارزات با آن سوی مرزها
در سال ۱۳۴۹ رجایی، هاشمی رفسنجانی، باهنر و جلال الدین فارسی تصمیم گرفتند که مبارزه علیه حکومت پهلوی را از طریق فعالیت در شبکه‌ی مبارزین خارج از کشور ادامه دهند. در این راستا، جلال الدین فارسی به سوریه رفت،‌ عده‌ای نیز در کشورهای اروپایی سرگرم فعالیت شدند، محمدعلی رجایی نیز با نام مستعار «محمد امین» با جلال الدین فارسی در سوریه در ارتباط بود و برای او کمکهای مالی ارسال می‌کرد، در همان سالها رجایی از سوی اکبر هاشمی برای ماموریت بسیار مهمی انتخاب شد تا سفری به فرانسه، سوریه و لبنان که تحت عنوان «تفریحی» ولی به واقع در جهت ایجاد پایگاههای محکم انقلاب انجام دهد که سفر ایشان با بهترین کیفیت موفق به انجام آن شد تا جایی که هاشمی در رابطه با آن سفر گفت: «با سفر رجایی خیلی از مشکلات حل شد و ایشان ارتباطات بسیار محکمی را برقرار کردند و بعدها خودشان آن را اداره کردند و اگر کاری در لبنان یا فرانسه پیش می‌آمد، تمامی نگاهها به سوی رجایی بود .»

هاشمی: رجایی اسراری از من می‌دانست که اگر ساواک به آن دست پیدا می‌کرد، من قطعاً اعدام می‌شدم
بسیاری از مبارزین و فعالان سیاسی دوران قبل از انقلاب که سابقه فعالیت سیاسی و همکاری با رجایی داشته‌اند همه به خوبی می‌دانستند که اگر رجایی کمترین اعترافی در مورد فعالیت آنها می‌کرد، ‌مستمسک «اعدام» آنها برای ساواک به راحتی حاصل می‌شد و اکبر هاشمی رفسنجانی در این میان بهتر از هر کسی می‌دانست که به چه شخص امینی «اعتماد» کرده‌است، از این رو بود که رجایی اسرار زیادی از هاشمی را در سینه نگاه‌داشت و در زیر سخت‌ترین شکنجه‌های ساواک دم نزد تا «هاشمی» زنده بماند .