[1]  - یکی از بهترین نقاط مسجد، مدفن رسول خدا (صلی الله علیه وآله) است; پیامبری که محبوب خدا و خلق بوده و میراث گرانبهای اسلام، حاصل تلاش بیست و سه ساله اوست. به هنگام تأسیس مسجد، در کناره شرقی آن، حجره‌هایی برای زندگی پیامبر (صلی الله علیه وآله) و همسرانش ساخته شد که تا حدود نود سال پس از رحلت آن حضرت نیز سرِ پا بود. ابتدا حجره‌ای برای سوده، پس از آن عایشه و در امتداد آن، حجره‌ای برای حضرت فاطمه (علیها السلام) بنا گردید. مورّخان نوشته‌اند که رسول خدا (صلی الله علیه وآله) در همان حجره‌ای که وفات یافت، مدفون شد. بر اساس آنچه که اهل سنّت روایت کرده‌اند، این حجره، همان حجره عایشه بوده که حضرت در آن وفات یافت. احتمال دیگر نیز آن است که رحلت و دفن پیامبر در حجره‌ای در میان حجره عایشه و حجره حضرت فاطمه (علیها السلام) بوده که آن حضرت برای استراحت در آنجا بسر می‌برده و اختصاص به هیچ یک از همسرانش نداشته است. به هر روی، زمانی که پیامبر (صلی الله علیه وآله) دفن شد و سپس ابوبکر و عمر را در کنار آن حضرت دفن کردند، به تدریج میان بخش متعلق به عایشه و این قسمت، پرده (و سپس در روزگار عمر دیوار کوتاهی) کشیده شد. این وضعیت تا زمان توسعه مسجد در عهد ولید، به همان شکل باقی بود. در آن زمان که قسمت شرقی مسجد توسعه یافت، مرقد مطهر در حالی که گرد آن یک پنج ضلعی کشیده شد، داخل در مسجد گردید. گفته‌اند انتخاب پنج ضلعی از آن روی بود که شبیه کعبه به صورت مربع نباشد. به علاوه کسانی که در پشت آن به سوی قبله نماز می‌خوانده‌اند، چون سمت مثلثی آن برابرشان بود، در واقع، عملاً رو به قبر بودن، برای آنان صدق نمی‌کرد. گفتنی است نخستین بار یکی از امرای اسماعیلی مصر با نام ابن ابی الهیجاء، پرده‌ای راکه سوره یــس روی آن کتابت شده بود، روی مرقد مطهّر پیامبر (صلی الله علیه وآله) کشید و از آن زمان به بعد، پرده‌ای که روی آن آیات قرآن نوشته شده بود، روی مرقد مطهّر کشیده  می‌شد. در سال 557، در اطراف مرقد مطهّر، در زیر زمین، به دلیل احتمال نفوذ صلیبی‌ها ـ که بنای حمله و نفوذ از طریق دریای سرخ را داشتند ـ سُرب ریخته شد تا مانع از دسترسی آنان به قبر پیامبر (صلی الله علیه وآله) شود. (2) پس از آن در سال 668 و 694 توسط برخی از سلاطین مملوکی مقصوره‌های چوبی برای حجره شریفه ساخته شد. تا این زمان، زائرانِ قبر پیامبر (صلی الله علیه وآله) در فاصله یک و نیم متری قبر آن حضرت، در اطراف دیواره پنج ضلعی، که عمر بن عبدالعزیز در اطراف قبر کشیده بود، می‌ایستادند و  زیارت می‌خواندند. جمال الدین اصفهانی، در اطراف حجره شریفه ضریح چوبی تا سقف کشید که در آتش سوزی سال 654 سوخت. در همین آتش سوزی بود که سقف حجره شریفه نیز سقوط کرد. مستعصم، آخرین خلیفه عباسی گروهی را برای تعمیر فرستاد و آنان بی آنکه وارد حجره شریفه شوند، سقف را دوباره زدند. در سال 668 بَیبَرْس، دیواره مُشبّکی به صورت ضریح در اطراف این پنج ضلعی، به صورت مستطیل شکل کشید و خانه حضرت زهرا (علیها السلام) نیز داخل آن قرار گرفت و  محدوده‌ای تا محراب تهجّد را داخل این مقصوره کرد. از این زمان به بعد، دسترسی مردم به قبر دورتر شد، خانه حضرت زهرا (علیها السلام) از مسجد به داخل این مقصوره افتاد و ستون مربعة القبر نیز از دسترس مردم خارج شد. علت نامگذاری آن به مربعة القبر، واقع شدن آن در زاویه شمال غربی ضریح قبر پیامبر (صلی الله علیه وآله) است. محدوده حجره طاهره، که مرقد منسوب به فاطمه زهرا (علیها السلام) و خانه ایشان در داخل آن قرار دارد، 240 متر (16 متر طول و 15 متر عرض) مساحت دارد که ضریحی مطلاّ در اطراف آن کشیده شده است. برای ضریح چهار در ساخته شد; یکی در سمت جنوب، یعنی قبله که نامش «باب  التوبه» بوده، دیگری در سمت غرب آن که «باب الوفود» بوده و در نزدیکی اسطوانة السریر قرار داشته، دیگری «باب فاطمه» در دیواره شرقی حجره قرار داشته و چهارم «باب تهجّد» که در سمت شمال است. پس از آن، در روزگار سعودی، هیچ تغییری جز تعمیرات موقت در حجره شریفه انجام نشد و همچنان به همان صورت نخست باقی مانده است. افزون بر مرقد مطهّر پیامبر (صلی الله علیه وآله) در بخش شمالی آن، محلّی به عنوان قبر فاطمه زهرا (علیها السلام) وجود دارد. این محل بنا به نقل‌هایی است که معتقد است حضرت در خانه خودش مدفون است. روایاتی نیز دفن آن حضرت را در بقیع می‌دانند که اهل سنت بیشتر به پذیرش این روایات تمایل دارند. همان گونه که گذشت، در جمع، چهار درِ بیرونی، برای حجره شریفه تعبیه شده است; نخست درِ جنوبی که تاریخ سال آن 1026 هجری است. در شمالی که باب التهجّد نام دارد و روبروی محراب تهجّد است. در شرقی که به باب فاطمه (علیها السلام) نامبردار است و روی آن اشعاری نوشته‌اند. در غربی که به باب النبی مشهور است. اکنون کسی که در حال خروج از مسجدالنبی، از سمت باب البقیع ـ جنوبی‌ترین درِ دیوار شرقی مسجد ـ است، در سمتِ چپِ خود حجره شریفه را می‌بیند. در این قسمت، سه قوس یا به عبارتی طاق نما هست که به ترتیب در برابر قبر پیغمبر (صلی الله علیه وآله) ابوبکر و عمر می‌باشد. بالای آن این آیه شریفه نوشته شده است: «إِنَّ الَّذینَ یغُضُّونَ أَصْواتَهُمْ عِنْدَ رَسُولِ اللهِ أُولئِک الَّذینَ امْتَحَنَ اللهُ قُلُوبَهُمْ لِلتَّقْوی لَهُمْ مَغْفِرَةٌ وَ أَجْرٌ عَظِیمٌ». روی یکی از این ستون‌ها، دست راست شخصی که روبروی قبر پیامبر (صلی الله علیه وآله) ایستاده، این شعر دیده می‌شود:

یا خَیر مَنْ دُفِنَت بالقاعِ أعْظمُه                   فطاب من طیبهنّ القاعُ و الأکم

نیز روی ستون سمت چپ شخصی که روبروی قبر پیامبر (صلی الله علیه وآله) ایستاده، این بیت شعر نوشته شده است:

نَفْسی الفِداء لِقَبْر أَنْتَ ساکنُهُ                    فِیهِ الْعِفافُ وَ فِیهِ الجُودُ و الکرَم