تأکیداتی که امام(ره) نسبت به ایجاد انقلابی اساسی در تمام دانشگاههای سراسر کشور داشتند و نظر ایشان مبنی بر تصفیه دانشگاهها از استادانی که در ارتباط با شرق یا غربند و جلوگیری از بدآموزیهای رژیم سابق در این مکانها، زمینه‌های لازم را برای تحرک جوانان دانشجوی انقلابی در دانشگاهها فراهم کرده بود، به همین دلیل، نارضایتی دانشجویان مسلمان و انقلابی دانشگاه تبریز از گروههای سیاسی و تحصن آنها در محیط دانشگاه، به سرعت در اکثر دانشگاههای مهم اثر خود را گذاشت.

به طوری که در فاصله زمانی کوتاهی، غالب دانشگاهها و مراکز آموزش عالی به تصرف انجمنهای اسلامی دانشجویان درآمد و مسأله دانشگاهها، ابعاد ملی به خود گرفت. این دانشجویان با تأکید بر جلوگیری از هرج و مرج و دوری از ایجاد درگیریهای داخلی، خواستار تصفیه و اصلاح و پاکسازی دانشگاهها از عناصر وابسته به رژیم سابق و لغو قوانین و مقررات طاغوتی بودند و می‌گفتند «تعلیمات ما باید استقلالی و غیراستعماری باشد و نظام آریامهری حاکم بر دانشگاهها باید تغییری انقلابی و بنیادی نماید تا در خدمت استقلال و آبادانی کشور درآید» و البته مخالفین آنها که عمدتآ از گروههای چپ و الحادی و منافق و هواداران آنها بودند و در تمامی دانشگاهها ستادهای عملیاتی تشکیل داده بودند، این دانشجویان را متهم به سرکوب نیروهای مخالف می‌کردند و حاضر به ترک دانشگاه و تخلیه ستادهای مذکور نبودند و نتیجتآ درگیری‌های فراوانی ایجاد شد.

درگیریهای این دو جریان مخالف که در طی چندین روز ]از 26 تا 29 فروردین  1359[ تقریبآ درتمامی دانشگاههای کشور فراگیر شد، موجی از نگرانی و ناامنی در جامعه ایجاد کرد تا آنجا که اعضای شورای انقلاب به همراه رئیس‌جمهور، بهتر دیدند که مسأله را در حضور حضرت امام مورد بحث و بررسی قرار دهند. در این جلسه که صبح جمعه، 29 فروردین 1359 تشکیل شد، در اصل قضیه که نظام آموزشی دانشگاهها باید اصلاح شود و این مکانها از عناصر وابسته تصفیه گردد، اختلاف نظری نبود؛ به همین دلیل بحث بیشتر بر روی شکل و چگونگی انجام این کار بود که سرانجام با تأیید امام قرار شد مهلت سه روزه‌ای به گروههای سیاسی داده شود که ستادهای عملیاتی خود را از دانشگاهها برچینند و مسئولین دانشگاهها هم ترتیبی دهند که امتحانات تا چهارده خرداد پایان یابد و بعد از آن برنامه‌هایی برای تهیه نظام آموزشی جدید بر پایه معیارهای اسلامی و انقلابی تدوین گردد و همچنین هرگونه استخدام در دانشگاهها متوقف و بعدآ نیز پذیرش دانشجو براساس موازین جدید صورت گیرد.

بر همین مبنا، شورای انقلاب اطلاعیه‌ای منتشر ساخت و ضمن اعلام موارد مزبور تأکید کرد که چنانچه تا پایان مهلت اعلام شده این ستادها برچیده نشوند، شورای انقلاب بر آن است که «همه با هم یعنی رئیس‌جمهور و اعضای شورا، مردم را فرا خوانند و همراه با مردم در دانشگاهها حاضر شوند و این کانون‌های اختلاف را برچینند.»

منبع: کتاب هاشمی رفسنجانی، کارنامه و خاطرات 1359، انقلاب در بحران، زیر نظر عباس بشیری، دفتر نشر معارف انقلاب