پس از وقوع حادثه طبس، گزارش اصل قضیه و حوادث پیرامون آن، خصوصاً بمباران سریع منطقه فرود هواپیماهای آمریکایی که به دستور بنی‌صدر صورت گرفته بود و منجر به شهادت محمد منتظرقائم، فرمانده سپاه یزد شده بود و نیز اسناد و مدارک مهم بازمانده از متجاوزین را از بین برده بود، در جلسه شورای انقلاب مطرح شد. گزارشها و بررسیها نشان می‌داد که برخی از عوامل داخلی با آمریکایی‌ها همکاری داشته‌اند و مشخصاً ضدهوایی‌ها را از بعضی مراکز دفاعی جمع کرده بودند. همچنین بمباران هلی‌کوپترهای برجای مانده و انهدام اسناد در آنجا که نشانه هماهنگی قبلی با آمریکایی‌ها بود، مشکوک و بر ابهامات موضوع افزوده بود.

در شورای انقلاب قرار شد با توجه به اعتراضاتی که به این اقدامات مشکوک شده، کمیسیون تحقیقی با عضویت آیت‌الله خامنه‌ای، من و دکتر مصطفی  چمران تشکیل و مسائل را بررسی کند.

ما علی رغم اوضاع خاص کشور در آن شرایط، بسیار تلاش کردیم که جزئیات ابهام‌آمیز این حادثه را روشن کنیم. حتّی به اتفاق یکدیگر ]احتمالا در 10 اردیبهشت  1359[ سفری هم به صحرای طبس داشتیم و در آنجا همراه با تنی چند از افراد نیروی هوایی، صحنه و آثار باقی مانده از تجاوز آمریکایی‌ها را دیدیم و مسائل را از نزدیک بررسی کردیم و البته با توجه به رفاقت و اعتمادی که به شهید چمران داشتیم و با توجه به آشنایی که او با مسائل نظامی داشت، ایشان را به طور اختصاصی مأمور بررسی و تحقیق موضوع و تهیه گزارش نهایی کردیم. او هم پس از مدتی گزارشی آورد که در اسناد شورای انقلاب موجود است، ولی ابهامات را حل نکرد و سؤالات همچنان باقی ماند.

من گزارش آنچه توسط کمیسیون تحقیق انجام شده بود، چند روز بعد ]در تاریخ  18 اردیبهشت  1359[ به اطلاع امام رساندم.

البته برخی از اشخاص در این روزها معتقد بودند موضع‌گیری شورای انقلاب و رئیس‌جمهور درمقابل تجاوز آشکار آمریکا به ایران، ضعیف و غیر انقلابی است و می‌گفتند با توجه به اینکه افکار عمومی در داخل آمریکا و در دنیا برضد رئیس‌جمهوری آمریکا است، بهتر است که با شدت عمل بیشتری اقدام شود. این مسأله خصوصآ وقتی که موضوع باز پس دادن اجساد متجاوزان آمریکایی مطرح شد و مخالفتهایی با آن صورت گرفت، بیشتر نمایان شد و بحث‌های سیاسی زیادی را در داخل دامن زد.

منبع: کتاب هاشمی رفسنجانی، کارنامه و خاطرات 1359، انقلاب در بحران، زیر نظر عباس بشیری، دفتر نشر معارف انقلاب