آیت الله هاشمی رفسنجانی از بخشهای مختلف این موزه بازدید کرد و از نزدیک در جریان روند ساخت و جمع آوری قرآن‌ها و کتب خطی نفیس این مجموعه قرار گرفت.

 آیت الله هاشمی رفسنجانی را در این بازدید احمد مسجد جامعی وزیر سابق وزارت فرهنگ و ارشاد اسلامی و رئیس هیات امنای موزه ملی قرآن کریم، مهدی چمران و بیادی رئیس و نایب رئیس شورای شهر تهران، حجت الاسلام و المسلمین نظام زاده رئیس سازمان اوقاف و امور خیریه، محمد عطریانفر معاون ارتباطات سازمان میراث فرهنگی و گردشگری و جمعی از خادمان قرآن و شخصیتهای فرهنگی همراهی می‌کردند.

بنا بر این گزارش؛ عملیات اجرایی بنای موزه قرآن کریم از سال ۱۳۵۵ در قالب یک فرهنگسرا شروع شد و تا هنگام پیروزی انقلاب اسلامی ۲۵ درصد آن به انجام رسید. کار احداث این بنا بعد از یک توقف شانزده ساله مجدداً در سال ۱۳۷۳ ادامه یافت و در سال ۱۳۷۶ به اتمام رسید.

موزه ملی قرآن کریم با زیربنایی به وسعت 10 هزار متر مربع در فضایی به ابعاد تقریبی ۶۰ در ۲۰ متر و عمق حدود چهارده متر در زیر زمین در ضلع شمال غربی تقاطع خیابان امام خمینی و خیابان ولی عصر (عج) ساخته شده است.

این بنا دارای سه طبقه است که با معماری سنتی اسلامی ایجاد شده و دارای بخشهای مختلف می‌باشد.

سالن آمفی تئاتر با گنجایش چهارصد نفر سرسرای اصلی موزه قرآن و کتب خطی نفیس و گالری‌ها از بخشهای مختلف موزه ملی قرآن کریم هستند.

این موزه همچنین دارای یک کتابخانه تخصصی با مجموعه‌ای بسیار غنی در زمینه کتب مرجع و علوم قرآنی در سه طبقه و به وسعت ۴۶۵ متر مربع می‌باشد که در حال حاضر ۳۵۰۰ نسخه کتاب در آن قرار داده شده و قرار است در آینده تا نزدیک 40 هزار کتاب در آن گنجانده شود. و خدمات این کتابخانه نیز با سیستم باز و به روش LC ارائه خواهد شد.

تالار امانات نشریات، تالار مطالعه و مخزن، نمازخانه، سالن سمعی و بصری، محل فروش نشریات و تولیدات فرهنگی، فضاهای مختص پذیرایی و استراحت، آمفی تئاتر روباز از دیگر بخشهای موزه ملی قرآن کریم است.