آیت الله هاشمی رفسنجانی در اولین جلسه دوره نخست مجلس خبرگان رهبری که با حضور منتخبین مردم شروع به کار کرده بود، حضور یافت.
انتخابات اولین دوره مجلس خبرگان رهبری که شکل تکامل یافته مجلس خبرگان قانون اساسی است، به موجب قانون اساسی در ۱۹ آذر ۱۳۶۱ برگزار شد و مراسم افتتاح آن نیز در تاریخ در 23 تیرماه 1362 با پیام امام خمینی برگزار شده بود.
آیت الله هاشمی رفسنجانی در باره سیر برگزاری انتخابات خبرگان و برگزاری اولین اجلاس و حتی تنظیم بیانیه پایانی آن در خاطرات سال 1362 نوشته است:
صبح زود به مجلس رفتم. تا ساعت نه صبح، گزارشها را خواندم و نظارتی برکارهای مقدماتی مجلس خبرگان نمودم. ساعت نه، جلسه [مجلس] خبرگان [رهبری] شروع شد. قرآن و پیام امام و سخنرانی آقای مهدوی کنی [رئیس هیئت مرکزی نظارت بر انتخابات مجلس خبرگان] و جلوس هیئترئیسه سنی و تحلیف و انتخابات برای هیئترئیسه دائم.
آقای مشکینی، رئیس و من، نایبرئیس و آقایان [محمد] مؤمن و [حسن] طاهری خرمآبادی، منشی انتخاب شدیم. [جامعه] مدرسین [حوزه علمیه] قم آقای [احمد] آذری [قمی] را برای ریاست و آقای [محمدمهدی] ربانی [املشی] را برای نیابت کاندیدا کردند که رأی نیاوردند. آقایان [ابوالقاسم] خزعلی و [یوسف] صانعی هم، رأی خیلی کمی داشتند.
برای عصر، جلسه اعلام کردیم؛ قمیها مخالفت کردند و گفتند: باید در قم باشد. هیئترئیسه جلسه گرفت و برای برخورد با این مشکل، تصمیماتی اتخاذ شد. جلسه را غیررسمی کردیم و بحث کردیم. برای احتراز از اختلاف، قرار شد، اولین جلسه را روز شنبه در شهر قم تشکیل دهیم؛ بااینکه اکثریت موافق نبودند، اما سرسختی آنها ممکن بود، مشکلی درست کند. چند نفر هم بهعنوان اعتراض، نیامده بودند؛ مثل آقای [یوسف] صانعی و آقای [جلالالدین] طاهری اصفهانی.
سپس در دفتر من، هیئترئیسه [مجلس خبرگان] جلسه داشت؛ برنامه اولین جلسه [مجلس خبرگان در شهر] قم را تنظیم کردیم. شب مقداری در مجلس کار کردم.
بعد از نماز برای شرکت در جلسه خبرگان بهطرف قم حرکت کردم. ساعت هفت و نیم صبح به مدرسه فیضیه رسیدم. قبل از جلسه، در اتاق مرحوم صاحب الداری - دفتر مدرسه - با جمعی از مدرسین، مذاکره کردیم. آقای [محیالدین] حائری شیرازی، بخشی از مطالب پیام امام را ناظر به بیت آیتالله منتظری میدانست و میگفت:« به این تذکر اهمیت بدهیمها» کلی میدانستند؛ به هر حال متفق بودند که برای اجرای اصل 111 قانون اساسی، خبرگان، باید بیت رهبر را تحت نظارت بگیرد.
با کمی تأخیر، جلسه [مجلس] خبرگان شروع شد. اداره مجلس مشکل بود؛ آییننامه ندارد و اعضاء هم از علمای بزرگاند و پرتوقع. من به آقای مشکینی، برای اداره کمک کردم. وقت زیادی صرف اصلاح ماده مربوط به محل تشکیل جلسات شد که بالاخره تعدیل شد - مرکز اصلی قم و قابل تغییر، با تصویب اکثریت - دو کمیسیون هم تشکیل دادیم؛ ظهر هم بعدازنماز، در همان محل کتابخانه فیضیه، ناهار خوردیم؛ با رأیگیری، جلسه بعد در تهران خواهد بود.