باید آزادی بیان و آزاداندیشی واقعی در چارچوب قانون در جوامع حاکم باشد و بگذارند صاحب‌نظران به ارائه نظرات و دیدگاه‌های خویش بپردازند، چرا که از بطن اندیشه آزاد و اظهارات آزادانه، توسعه و پیشرفت حاصل می‌شود. جمود فکری مشکل جدی در جامعه است و باید زمینه‌ای فراهم شود تا فضای بسته در دانشگاه‌ها باز شود. اگر بخواهیم نسل آینده معارف اسلام را بفهمد و دُگم و تنگ‌نظری‌هایی را که بر جامعه تحمیل شده است، بشکنیم باید از آزاداندیشی و آزادگفتن حمایت کنیم.  
این اشارات، حاکی از آخرین تجربۀ زیستۀ هاشمی، اندیشه پایانی و لاجرم « حاصل عمر» آیت الله بود و سر انجام به تأسیس «شورای عالی آزاد اندیشی دینی» انجامید. چیزی که در زبان اصحاب دانش و تجربه، به «آواز قوی» یک انسان اهل اندیشه و عمل تعبیر می شود. در این مقاله به اختصار به نکته اشاره میپردازیم؛ مسئلۀ آزاد اندیشی، و تلاش هاشمی رفسنجانی در این باره.
- آیت الله رفسنجانی و مسئله آزاد اندیشی؛
چنان که گذشت،آزادی، آزاد اندیشی و نسبت دین و تمدن با این دو، اهمیت زیادی برای هاشمی رفسنجانی پیدا کرده بود و در اواخر عمر بیشتر بدان می اندیشید. وی در گفتگویی با شبکه چهار سیما(7/3/1387) نگرانی از بازگشت تحجّر با پوشش دینی را طرح کرده بود. چنین می نماید که او به دو نوع از تحجّر می اندیشید و نظر داشت؛ 
الف) ترویج خانه نشینی سنتی و انزوای روحانیت از عملِ سیاسی از یک سوی،
ب) تصرف قدرت سیاسی و نفی جایگاه مردم در دولت از سوی دیگر. 
اگر هاشمی رفسنجانی در دورۀ انقلاب و دهۀ اول جمهوری اسلامی بیشتر به نوع اول از تحجّر نظر داشت، در دهۀ چهارم بیشتر نگران نوع دوم از تحجّر بود؛ اندیشه ای که به نام دین به نفی حاکمیت ملی و انکار نقش مردم در حکومت می پردازد. وی در همین گفتگوی بالا می گوید؛
راهی که دین ما، پیش روی ما گذاشت این است که مردم باید حاکم باشند. از طریق مردم باید به اینجا برسیم. خود پیغمبر هم، به همین شکل عمل کرد. پیغمبر که قدرت شق القمر داشت، میتوانست همه را خاضع  بکند. ولی صبر کرد و پس از اینکه یکی یکی مردم جمع شدند، بیعت کردند، قبول کردند و اطاعت کردند، قرارداد بست و حکومتش را آغاز کرد. علی بن ابیطالب(ع) وقتی که مردم نیامدند، به خانه رفت و کشاورزی کرد. این مسئله قابل بحث و اثبات است. اگر بحث تاریخی کنیم، قابل اثبات است. 
هاشمی بر وجود و تداوم اندیشه تحجّر در مجامع مذهبی اشاره کرده و افزود؛ «همین حرفها بود. هنوز هم همین تفکرات وجود دارد. یعنی در حوزه هست. در بین مقدّسین هست. ... الان مرید بازی حوزوی منتقل به میدان سیاست شده است. یعنی عوام زدگی خیلی بیشتر از زمان گذشته است. واقعاً اسلام این اجازه را به ما نمی دهد، این کفران اسلام است. اصلاً آنهایی که می خواهند مردم را ناآگاه بار بیاورند، از دیدگاه قرآن معاقَب هستند».  وی با این ملاحظات دوگانه در بارۀ تحجّر در جامعه امروز ایران می گوید؛
بله، خطر رجعت به انزوا [و استبداد دینی] وجود دارد. ... فکر می کنم، وظیفه روشنفکران، علما، دانشگاهیان، حوزوی ها و رسانه ها، این است که در این مسئله خیلی جدی کار کنند. خودم شروع کردم. البته همیشه می گفتم،  اما این دفعه جدی شروع کردم. علت آن هم این بود که نامه ای از مجله حوزه به من رسید، و همین   نکته ای را که الان شما دارید می گویید، یعنی احساس خطر پدید آمدن تحجّر را، ابراز کردند و از ما خواستند مطلبی در این رابطه، بنویسم. من هم نشستم متنی را تهیه کردم و آماده شد که تحت عنوان روشنفکری دینی یا آزاد اندیشی دینی می باشد. انشاءالله به زودی برای چاپ می دهم. اصلاً عین این بحث شماست. 
 متن فوق، با عنوان «آزاداندیشی اسلامی و روشنفکری دینی» در شماره 148-149 مجله حوزه به سال 1387 منتشر شد. هاشمی در مقدمه این مقاله بلند، هدف نوشته را ارائه «راهکارهایی برای مقابله با تهدیدهای ریشه دار و موریانهوار تحجّر و سکولاریسم و استکبار و تهاجم فرهنگی» اعلام کرده بود.  وی در بخش نخست مقاله، با اشاره به برخی اوصاف روشنفکران و دیدگاههای موافق و مخالف می نویسد؛
 «براین اساس، تعریف جامع و مانعی برای روشنفکری دینی سراغ ندارم؛ ولی باتوجه به توصیفهای موجود می توان گفت: مصداق خوب روشنفکر دینی، فردی باشد که از سویی با دلیل و همراه اعتقاد و تعبّد، اسلام را جوهری پایدار و جوابگوی ابدی نیازهای روز هر زمان و مکان بداند، و از سوی دیگر، قادر به شناخت واقعیات و نیازهای جوامع زمان خود باشد؛ اگر فاقد رکن اول باشد، دینی نیست و اگر رکن دوم را نداشته باشد، روشنفکر نیست. البته در هر زمانی چنین مصادیقی، زیاد نخواهند بود». 
 این مقاله، چند سال بعد با  همین عنوان «آزاداندیشی اسلامی و روشن فکری دینی»، در قالب کتاب هم به چاپ رسید. 
به هر حال، هدف از آزاد اندیشی این است که اندیشه به آزادی بینجامد؛ ولی، همواره چنین نیست که آزادی اندیشه پیش شرط آزادی اجتماعی باشد، بلکه شاید این نکته نیز درست است که؛ گاهی هم آزادی اجتماعی پیش شرط آزادی اندیشه است. بدین سان، آزاد اندیشی و آزادی اجتماعی، بی آن که نسبتی یک سویه داشته باشند، همبسته یکدیگرند. نظم سیاسی – اجتماعی که به پدیده «عوام آفرینی» دامن می زند چگونه می تواند مقدمات آزاد اندیشی را فراهم نماید؟ هاشمی رفسنجانی به این نکته آگاه است و با اشاره به خطر پوپولیسم، تأکید می کند؛« ناچاریم که با آرای مردم کار کنیم. ولی باید مردم را آنچنان بار بیاوریم که آنها عوام نباشند. ممکن است ما اینها را عوام کرده باشیم. یعنی حرف هایی که به اینها گفته می شود، حرف های بی منطق و رویه های غیرعقلانی باشد. اگر بخواهیم بیش از شیوه های عقلانی با معجزه و امثال اینها با مردم سروکار داشته باشیم، اینها مردم را بد بار می آورند. مردم هم تقصیری ندارند». 
این اندیشه که هاشمی از آن با دو تعبیر «روشنفکری دینی یا آزاد اندیشی دینی» یاد می کند از سال86 تا 93 بخش بزرگی از فضای ذهن آیت الله را گرفته بود و هر روز بیش از پیش بدان می اندیشید. وی سر انجام پروژه فکری خود را «آزاد اندیشی دینی» نام نهاد. شاید، به این دلیل که  بتواند از مناقشه جاری درباب چند و چون «روشنفکری دینی» فاصله بگیرد. آیت الله رفسنجانی به تدریج اندیشمندان و محققان همسو با محتوای ایدۀ خود را پیدا کرد و از مرداد 93 عملاً به اجرای این اندیشه همت گماشت.
- شورای عالی آزاد اندیشی دینی؛
 به نظر نگارنده، آزاد اندیشیِ دینی، همان «آواز قوی هاشمی» است که برگ مهمی از کارنامۀ دهۀ آخر عمر او را تشکیل می دهد. معروف است که هر انسان اندیشمند و پر ثمری، آخرین محصول فکری و آخرین اقدام عملی اش، کوچک ترین و در عین حال مهم ترین حاصل عمرش است که به یادگار به تاریخ می سپارد؛ «عصارۀ عمر» است. برای مثال، "مُروج‌الذَهَب و معادن‌الجوهر"  نوشته علی بن حسین مسعودی، تاریخ‌نویس و جغرافی‌دان سدهٔ ۴ هجری است که آخرین اثر مسعودی و حاصل یک عمر جهانگردی و مطالعه عمیق وی در حوزه اندیشه‌ها و رفتار اقوام مختلف است. به همین دلیل نیز، بسیاری این کتاب را «آواز قوی» مسعودی خوانده اند. 
باری، آخرین کار سنجیده و هدفمند افرادی که در زندگی برنامه و هدفی اندیشیده دارند، «آواز قوی» او خوانده می شود. آیت الله هاشمی در مقدمه مقاله ای که ابتدا به درخواست و برای مجلۀ "حوزه" نوشته است، چنین می آورد؛ «درخواست دارند مقاله ای درباره بنیان روشنفکری دینی که سرمایه بالندگی در مبارزات، پیروزی و تداوم انقلاب اسلامی ایران است، و فریادگر و منادی آن امام راحل هستند، بنویسم و با استفاده از تجارب بیش از نیم قرن حضور مداوم و تأثیرگذارم در میدان مبارزه و مسئولیت های کلیدی اداره کشور، راهکارهایی برای مقابله با تهدیدهای ریشه دار و موریانه وار تحجّر و سکولاریسم و استکبار و تهاجم فرهنگی ارائه دهم.
به خاطر بجا دیدن این دعوت و لمس خطرهای مزاحم فوق الذکر، بیست ساعت بعد از آن، یعنی8 /8 /1386، قلم برداشتم و در پشت همان برگه های نامه دعوت،که سفید مانده بود، شروع به نوشتن کردم و امیدوارانه از خداوند مهربان استمداد کردم که حق را بر نوشته هایم جاری فرماید. 
آیت الله هاشمی پنج سال بعد از انتشار این مقاله، به اجرای ایدۀ خود در قالب نهادی به نام «شورای عالی آزاد اندیشی دینی» اقدام می کند. وی، این نهاد را در چارچوب اداری دانشگاه آزاد اسلامی دیده و طی نامۀ مورخ 2/5/1393،«شورای عالی آزاد اندیشی دینی» متشکل از اساتید و محققان حوزه و دانشگاه، در دفتر هیأت امنای دانشگاه آزاد اسلامی، و به منظور تقویت، توسعه و نهادینه شدن آزاد اندیشی دینی در همه زمینه های علوم، فنون و معارف اسلامی، تأسیس می گردد. 
آیین نامه شورا تنظیم می شود قبل از هر چیز، به تعاریف و ارکان شورا پرداخته و در ماده نخست به تعریف آزاد اندیشی دینی اشاره می کند و می نویسد؛ « آزاد اندیشی دینی، تلاش علمی متعهدانه و برنامه ریزی شده ای است که نقش والای عقل و فکر را به عنوان مهم ترین عامل سعادت و کمال انسان و جامعه در پرتو آموزه های وحیانی و در همه عرصههای علوم و فنون برجسته می کند». این تعریف، اهمیت زیادی از دیدگاه نوشته حاضر دارد؛
1)    آزاد اندیشی نه یک روند و پروسۀ طبیعی، بلکه یک «پروژه» هدفمند و متعهدانه تلقی شده است. تعریف، ناظر به برنامه ریزی برای تحقق امری اجتماعی است. تلاشی امیدوارانه است و حاکی از نوعی امید به همت و تدبیر انسانی؛ به این معنی است که اگر بذر و درخت آزادی در جامعه ای و به دلایلی پژمرده است، نباید زانوی غم بغل کرد، بلکه باید و می توان آزادی را دوباره احیاءکرد، یا حتی دوباره «آزادی را کاشت»، و با کاشت دوباره آن در ساحت اندیشه، به امید ثمرات اجتماعی اش نشست و لحظات را شمرد.
2)    تعریف، نوعی ملازمه بین آزاد اندیشی دینی از یک سوی، و عقل و فکر از سوی دیگر، می بیند؛ عقلِ متکی و معاضد به وحی را مهم ترین عامل سعادت و کمال انسان و جامعه می داند که در همه عرصه های علوم و فنون نقش آفرین است.
3)    واژه «پرتو» در تعریف اهمیت زیادی دارد و حاکی از دین شناسی نویسندگان آیین نامه و بویژه آیت الله هاشمی است. این عبارت که عقل و فکر «در پرتو آموزه های وحیانی» در علوم و فنون ایفای نقش می کند و مهم ترین عامل سعادت بشر است، بدین معنی است که آموزه های وحی بی آن که در جزء جزء علم و زندگی حضور مستقیم داشته باشد، علم و زندگی را جهت می دهد و پشتیبانی می کند. پرتوی بر مسیر زندگانی می اندازد و عقل و فکر را ره می نماید.
آئین نامه ویژگی و هدف گذاری خاصی دارد؛ با آن که «شورای عالی آزاد اندیشی دینی» به لحاظ نهادی در هیأت امنای دانشگاه آزاد اسلامی دیده شده است، نگاه فرا نهادی دارد. چنان که خواهد آمد دانشگاه آزاد اسلامی درصد اندکی از اعضای متخصص شورای عالی و حلقه های زیر مجموعه آن را تشکیل می دهد. این تعداد نیز نه به اعتبار دانشگاه آزادی بودن، بل به اعتبار تخصص و مهارتشان در این مجموعه گرد آمده بودند. 
به هر حال، اکثریت اعضای شورایعالی و حلقه ها را متخصصین خارج از دانشگاه آزاد و اندیشمندانی تشکیل می دادند که از حوزه علمیه قم و دانشگاههای معتبری چون دانشگاه تهران، شهید بهشتی، تربیت مدرس، علامه طباطبایی و دیگر دانشگاهها به اعتبار مقام علمی شان دعوت شده بودند. ماده 2 آئین نامه درباره «شورای عالی آزاد اندیشی دینی می نویسد؛ « شورایی است متشکل از اساتید، محققان و نخبگان حوزه و دانشگاه که تحت اشراف و نظارت مستقیم ریاست هیأت مؤسس و هیأت امنای دانشگاه آزاد اسلامی، و با اهداف و وظایف مشخص تأسیس شده است».
ماده 5 آئین نامه، ارکان چهارگانه شورای عالی را چنین توصیف کرده است؛ 1) رئیس؛2)دبیر؛3) اعضای شورا؛ 4) حلقه های علمی. ریاست شورای عالی آزاد اندیشی دینی را مرحوم آیت الله هاشمی شخصاً به عهده داشتند و اهتمام و توجه خاصی به امور و جزئیات فعالیت های شورا نشان می دادند. حجة الاسلام و المسلمین دکتر امیر علی لطفی دبیر شورا بود. اعضای شورای عالی، ترکیبی از  اساتید و اندیشمندان برجسته حوزه و دانشگاه بودند که در حوزه دین، آزادی و اندیشه اهل نظر و تأمل بودند. ماده 6 آئین نامه در باره اهداف شورا چنین است؛
1-    ترویج و توسعه آزاد اندیشی و آزادی بیان مبتنی بر عقل و تدیّن؛
2-    تشویق صاحب نظران و فرهیختگان کشور و جهان[اسلام] به آزاد اندیشی و ارائه آراء و اندیشه ها با رعایت مبانی و اصول اخلاقی اسلام؛
3-    تلاش برای تقویت زیر ساخت های علمی و فرهنگی آزاد اندیشی و توانمند سازی اشخاص حقیقی و تشکل های خصوصی برای آزاد اندیشی در همه حوزه های علمی و دینی؛
4-    رصد فرصت های ملی، منطقه ای و بین المللی و تلاش برای شکل گیری نظام ملی و شبکه جهانی حلقههای آزاد اندیشی دینی؛
5-    تلاش برای رفع موانع و محدودیت های آزاد اندیشی در همه زمینه های علوم و فنون؛
6-    تقویت و توسعه ظرفیت های علمی کشور در راستای آزاد اندیشی و فرایند تولید علم و نظریه پردازی؛
اعضای شورای عالی با انتخاب و حکم آیت الله هاشمی-رئیس شورای عالی- برای مدت سه سال تعیین شده بودند. بندهای 3-6 از ماده 7 آئین نامه، به تأکید هاشمی رفسنجانی، چهار وظیفه مهم را به عهده شورای عالی نهاده بود. این وظایف که حاکی از افق دید ریاست شورا بود، عبارتند از؛
3- تصویب عناوین، اعضاء و برنامه های حلقه های علمی آزاد اندیشی دینی؛
4-تصویب تأسیس باشگاه جهانی آزاد اندیشی دینی و تعیین ساختار و برنامه های آن؛
5- تعیین نحوۀ حمایت از شخصیت ها و جریان های آزاد اندیش پایبند به اخلاق اسلامی و انسانی؛
6-تصویب برنامه دوره های عالی آموزشی و پژوهشی، به منظور نهادینه سازی، تقویت و توسعه ظرفیت های علمی آزاد اندیشی دینی[در] کشور.
«حلقه های علمی»، رکن چهارم و مهم ترین رکن علمی شورای عالی آزاد اندیشی دینی محسوب می شد. بر اساس ماده 3 از اساسنامه شورای عالی؛ «حلقه علمی آزاد اندیشی، هیأتی متشکل از صاحب نظران و متخصصان در یک حوزه علمی و تخصصی است که با تشخیص و صلاحدید شورای عالی آزاد اندیشی دینی تعیین و تشکیل شده و فعالیت می نمایند». 
ارکان هریک از حلقه های علمی عبارت بودند از؛ رئیس، دبیر، کارشناس، اعضای علمی پیوسته و نا پیوسته. رئیس حلقه با پیشنهاد اعضای شورای عالی و موافقت ریاست شورا- آیت الله هاشمی- تعیین می شد، و اعضای پیوسته هر حلقه را  نیز، حد اقل 7 نفر از صاحب نظران برجسته کشور تشکیل می دادند که به پیشنهاد رئیس حلقه و موافقت اعضای شورای عالی تعیین می شدند. برخورداری از مرتبه علمی استادی، دانشیاری یا مدرس خارج حوزه علمیه، با کارنامه علمی قوی و یا آثار علمی معتبر از جمله شرایط لازم برای عضویت در حلقه های علمی بود.
از جمله وظایف حلقه های علمی؛ 1) شناسایی، جذب، و همکاری علمی صاحب نظران و شخصیت های آزاد اندیش ملی و بین المللی؛ 2) تهیه اهم موضوعات چالشی بنیادی، راهبردی و کاربردی در خصوص آزاد اندیشی؛3) برنامه ریزی و برگزاری نشست های هم اندیشی به منظور تضارب آراء اندیشمندان؛4) پیشنهاد و نظارت بر اجرای طرح های پژوهشی و آموزشی در راستای تسهیل و توسعه آزاد اندیشی دینی.
آئین نامه شورا طی جلسات 3-7 شورای عالی آزاد اندیشی دینی بررسی و به تاریخ 2/2/1394 به تأیید آیت الله هاشمی رفسنجانی رسید. فعالیت شورایعالی از این تاریخ به بعد رسماً شروع و به تأسیس حلقه های علمی و دیگر فعالیت های مرتبط اقدام شد. از جمله مهم ترین حلقه های اولیه  که تشکیل و فعالیت داشتند، می توان به حلقه های علمی زیر اشاره کرد؛
1-    حلقه اخلاق و تربیت؛
2-    حلقه ادیان و مذاهب؛
3-    حلقه دانش و فناوری؛
4-    حلقه فرهنگ و تمدن؛
5-    حلقه فقه و حقوق؛
 حلقه فقه و حقوق با 17 نشست ، و حلقه فرهنگ و تمدن با 13 نشست علمی به ترتیب، بیشترین فعالیت را از خرداد 94- دیماه 95 برگزار کردند. در این مدت، شورای عالی آزاد اندیشی نیز 17 جلسه و ستاد تخصصی شورای عالی هم 6-7 جلسه تصمیم گیری داشتند.
- فعالیت های شورای عالی آزاد اندیشی دینی؛
شورای عالی آزاد اندیشی دینی، در عمر کوتاه خود، فعالیت ها و دست آوردهای قابل توجهی داشت. مهم ترین هدف شورا، تبدیل آزاد اندیشی به مسئله اصلی و همگانی در ایران و جستجوی راه های خروج از موانع آزاد اندیشی است. شورای عالی بر این اساس بسته ای از فعالیت ها را همزمان شروع و دنبال نمود. در زیر به برخی از این اقدامات اشاره می شود؛
الف) تولید ادبیات آزاد اندیشی دینی؛
بخشی مهم از اهداف و لاجرم فعالیت شورا، تولید ادبیات آزاد اندیشی دینی، همگانی سازی، انتشار و رواج این ادبیات در جامعه است. یکی از نخستین کارهای شورا ، سفارش برای تولید چند متن پژوهشی در تبیین مفاهیم، مبانی و ابعاد آزاد اندیشی دینی است. برخی از این پژوهش ها عبارتند از؛
1-    کتاب «مفاهیم و مبانی آزاد اندیشی دینی»؛ این پژوهش در 5 فصل تدارک شده است؛ ا) مفاهیم آزاد اندیشی دینی؛ ب)مبانی آزاد اندیشی در قرآن؛ ج) مبانی آزاد اندیشی در سیره معصومین؛ د) بررسی تاریخی در باره فراز و نشیب آزاد اندیشی در تمدن اسلامی؛ ه) موانع و چالش های آزاد اندیشی در ایران و جوامع اسلامی.
2-    کتاب « صورت بندی آزاد اندیشی در اندیشه اسلامی معاصر»؛ متن در یک مقدمه و چهار فصل تنظیم شده است؛ أ) در مقدمه معیارهایی برای صورت بندی اندیشه اسلامی معاصر جستجو شده است؛ ب) فصل اول به دیدگاه نوگرایی دینی و مسئله آزاد اندیشی؛ ج)تجدد گرایان مسلمان و آزاد اندیشی دینی؛ د) جریان های سنتی و مسئله آزاد اندیشی؛ ه) در فصل چهار نیز جمع بندی مباحث و نقدها آمده است.
3-    کتاب «آزاد اندیشی و آزادی بیان»؛ این متن نیز در یک مقدمه و 5 فصل سامان یافته و بیشتر به آزادی بیان توجه شده است؛ أ) موضوع شناسی و رویکردهای معرفتی؛ ب) مبانی آزادی بیان؛ ج)سنخ شناسی و ارکان آزادی بیان؛ د) حدود آزادی بیان؛ ه) نقض آزادی بیان و ضمانت اجرای آن. این متن بیشتر ماهیت حقوقی دارد.
4-    مجموعه مقالات « ضرورت و مبانی آزاد اندیشی دینی»؛ این مجموعه در هشت مقاله و در قالب هشت فصل دیده شده است؛ أ) معنی و فضیلت آزاد اندیشی؛ ب) مبانی قرآنی آزاد اندیشی؛ ج)مسئله آزاد اندیشی در اندیشه های تفسیری شیعه و اهل سنت؛ د) مسئله آزاد اندیشی در فقه فریقین؛ ه) آزاد اندیشی دینی در قرن چهارم هجری؛ و) فقه و آزاد اندیشی دینی؛ ز) آزاد اندیشی دینی در سیره اهل بیت (ع)؛ ح) قرآن و آزاد اندیشی.
5-    مجموعه مقالات «آزاد اندیشی؛ موانع، آسیب ها و راهکارها». این مجموعه نیز در یک مقدمه و شش فصل تنظیم شده است؛ أ) نگاه آسیب شناسانه به آزاد اندیشی در تاریخ فلسفه و ادیان؛ ب) موانع و آسیب های فرهنگی آزاد اندیشی؛ ج) موانع و آسیب های سیاسی آزاد اندیشی؛ د) موانع و آسیب های اجتماعی آزاد اندیشی؛ ه) موانع و آسیب های حقوقی آزاد اندیشی؛ و) بررسی تحلیلی مسئله خود سانسوری در جامعه ایران.
6-    مجموعه مقالات « آزاد اندیشی در آراء و اندیشه های سیاسی و اجتماعی امام خمینی)ره)». این مجموعه در پنج فصل به بررسی آزاد اندیشی در آراء و اندیشه های سیاسی- اجتماعی، فلسفی، عرفانی، اصولی و فقهی امام خمینی پرداخته است.
7-    مجموعه مقالات «مسائل، مصادیق و کاربردهای آزاد اندیشی»؛ این مجموعه نیز در سیزده فصل تنظیم شده است.
8-    مجموعه مقالات « خود سانسوری نخبگان در جامعه ایران». این مجموعه در 12 فصل، و از زوایای مختلف به بررسی معضل خود سانسوری در جامعه نخبگی کشور توجه نموده است.
ب) برگزاری نشست های تخصصی؛
نشست های تخصصی از مهم ترین وظایف «حلقه های علمی» بود که معمولاً هر دو هفته یک بار و در موضوع مرتبط با هر یک از حلقه ها برگزار می شد. مباحث این نشست ها از کثرت و تنوع قابل توجهی برخوردار بودند. برخی از این نشست ها که دستاورد های خوبی هم داشتند، عبارتند از؛
1-     نشست «فتوای معیار در قانونگذاری»؛ این نشست در حلقه فقه و حقوق برگزار می شد و مباحث فقهی- حقوقی مهمی توسط اعضای شرکت کننده طرح و نقد می شد.  جلسه پایانی این نشست که حاصل چندین جلسه گفتگوی علمی بود، مهرماه 94 در دانشگاه آزاد اسلامی واحد قم برگزار گردید.
2-    نشست « حکومت؛ آزادی و تمدن»؛. این نشست که حاصل چندین جلسه بحث و بررسی بود، توسط  حلقه فرهنگ و تمدن ، بهمن 94،  در مجمع تشخیص مصلحت نظام و با حضور مرحوم آیت الله هاشمی رفسنجانی برگزار گردید. اشتیاق به موضوع، و مشارکت جدی و  تمام وقت آیت الله در همه مباحث این نشست، از جمله خاطرات ماندگار برای همه اعضای شرکت کننده بود.
3-     علاوه بر دو نشست فوق، پیش نشست هایی در حلقه های دیگر در حال اجرا بود که موعد نشست نهایی آن ها برای پائیز و زمستان 95 تنظیم شده بود و  با ارتحال آیت الله هاشمی همه آن برنامه ها ناتمام ماند. این نشست ها در حوزه هایی چون؛ عدالت بین نسلی، مرجعیت علمی، زن و خانواده، مسئله تکفیر در شیعه و اهل سنت، دین؛ همزیستی و خشونت، تنظیم شده و مباحث مقدماتی آن ها در حال انجام بود.
ج) دوره های دانش افزایی در خصوص آزاد اندیشی دینی؛

این دوره های کوتاه مدت که ماهیت آموزشی و بویژه «هم اندیشی» داشت، اهمیت زیادی در هم فکری اساتید و انتقال مفهوم، ضرورت و مشکلات آزاد اندیشی دینی به کلاس های درس و بین دانشجویان داشت. رودخانه ای بود که بنا به تعریف می توانست بحث آزاد اندیشی دینی را در واحدهای مختلف دانشگاه آزاد و سپس دیگر مراکز علمی- فرهنگی  کشور به جریان اندازد. نخستین دوره از این برنامه با حضور آیت الله هاشمی و در مشهد برگزار شد و  مرحوم هاشمی بر این باور بود که چنین کار بزرگی را به تیمن از مشهد الرضا (ع) شروع کند.سپس به دیگر واحدهای دانشگاهی در سراسر کشور گسترش یافت.
د) تعریف و اجرای چند واحد درسی با موضوع آزاد اندیشی دینی؛
این واحدهای درسی در دو قالب مطرح بودند؛ یکی در قالب چند واحد درسی عمومی برای همه رشته های دانشگاهی که البته اختیاری هم بودند؛ و دیگری در قالب رشته تخصصی که موضوع آزاد اندیشی را به صورت جامع و هدفمند، تحقیق و تدریس و ترویج نماید.
هدف از تدوین واحد درسی« آزاد اندیشی دینی» به عنوان درسی عمومی و در قالب سنت دانشگاهی این بود که این موضوع  برای همه رشته ها و همه دانشجویان تبدیل به مسئله و دغدغه شود. هر ترم و هر سال تحصیلی و در همه مقاطع، نام و عنوان آزاد اندیشی در راهروهای دانشگاهها، اتاق اساتید و در کلاس درس و خوابگاههای دانشجویی مطرح باشد و مورد بحث و گفتگو واقع شود. شاید طنین چنین اقدامی، افکار عمومی را هم به موضوع آزاد اندیشی توجه دهد.
ه) برگزاری دوره تربیت استاد
از جمله ایده های مهم که در ذهن اعضای شورای عالی و شخص مرحوم آیت الله هاشمی بود، طرح تربیت استاد در موضوع آزاد اندیشی دینی بود. این باور وجود داشت که از طریق برگزاری دوره هایی که بیشتر ماهیت هم اندیشانه و غیر آموزشی داشت، تعدادی از اساتید علاقمند به موضوع که خود نیز چنین دغدغه ای دارند، شناسایی و به تدریج با هم مرتبط شوند. این شبکه ایجاد شده دو فایده مهم داشت؛ 
1)    این مجموعه از اساتید علاقمند به موضوع و «مسئله»، آزاد اندیشی، مبانی، مسائل، آسیب ها و راه کارهای لازم را به طور متمرکز و مدام مورد تأمل و پژوهش قرار می دادند. طبیعی است که هرگاه ذهن فرد یا تعدادی بر  چنین موضوعی متمرکز باشد، امکان تامل بیشتر و پیوسته در وجوه نظری و عملی آزاد اندیشی فراهم خواهد بود.
2)    پیدا شدن یک چنین شبکه ای از اساتید علاقمند، و گفتگوهای مستقیم و غیر مستقیم آن ها درباره آزاد اندیشی دینی، موجب فراهم شدن مقدمات همدلی، هم رأیی و تولید ادبیات مشترک، و رویه  نسبتاً همگون  در تدریس ، تحقیق و ترویج آزاد اندیشی می شد.
به نظر، این اندیشه ای درست بود؛ هاشمی انسان اندیشمند و در عین حال اهل عمل بود. به خوبی می دانست که ایده در غیاب راه کاری برای عمل و اجرا، البته عقیم است و در بهترین حالت در میان اوراق کتاب ها و یا در لابلای ابرهای اندیشه و خیال فراموش می شود. به همین دلیل  هم دنبال تولید چنین شبکه های مفید بود که به تدریج می توانستند خود اتکا شوند.
و)  پژوهشکده آزاد اندیشی دینی؛
آیت الله هاشمی و اعضای شورای عالی آزاد اندیشی دینی، در راستای اهداف شورا،  در اندیشه تأسیس پژوهشکدهای برای آزاد اندیشی دینی بودند. پژوهشکده ای مستقل و زیر نظر مستقیم آیت الله. هدف از این پژوهشکده؛ جمع آوری اندیشمندان و محققان علاقمند، برای بحث و پژوهش در موضوع آزاد اندیشی، مبانی، امکانات، موانع و راهبردهای مناسب بود. اهداف کلی پژوهشکده چنین بود؛
1-    ارتقای توانمندی های آزاد اندیشی و نو آوری در جامعه علمی کشور
2-    تهیه منابع و ادبیات علمی برای توسعه و ترویج آزاد اندیشی علمی
3-    حمایت و تشویق پایان نامه های کارشناسی ارشد و بویژه دکتری با موضوع آزاد اندیشی دینی
4-    برنامه ریزی و مدیریت طرح های تحقیقاتی در حوزه آزاد اندیشی دینی
5-    ترویج و ارتقای گفتگوها و ارتباطات علمی در حوزه آزاد اندیشی،
6-    حمایت از شخصیت ها و نظریه پردازی ها در حوزه آزاد اندیشی دینی
7-    تبیین و ترویج اخلاق و ارزش های معطوف به آزاد اندیشی دینی.
این پژوهشکده با سه گروه  علمی- پژوهشی باید تأسیس می شد؛
- گروه فقه و حقوق
- گروه دین، فرهنگ و تمدن
- گروه دین، دانش و فناوری
این سه گروه، در واقع نخستین گروههایی بودند که شاکله پژوهشکده را شکل می دادند. به تدریج گروههای دیگر نیز به موازات حلقه های علمی پیش گفته به این پژوهشکده افزوده می شد. دفتر مرکزی پژوهشکده در تهران  و با اشراف خود آیت الله هاشمی بنا بود فعالیت خود را شروع کند. لیکن دفتری نیز بویژه در قم و مشهد و در صورت نیاز برای دیگر شهرهای مهم باید تأسیس می شد.
ز) همایش « اسلام، آزاد اندیشی و انسان معاصر»
زنجیره ای از همایش های بزرگ و کوچک، با عنوان کلی فوق، برنامه ریزی شده و مقدمات آن فراهم می شد که از نیمه دوم سال 95 به بعد باید اجرایی می شد. هدف از این همایش ها و نشست ها، چنان که گذشت، طرح و تبدیل آزاد اندیشی به مسئله ای مهم و قابل توجه در فضای عمومی کشور، و بویژه برای اهالی علم و رسانه های عمومی بود. 
- خلاصه و نتیجه
چنان که گذشت، شورای عالی آزاد اندیشی دینی، آخرین برگ از کارنامه سترگ آیت الله هاشمی رفسنجانی است. ایدهای مهم و البته ناتمام که تقدیر زمانه فرصت انجام و اجرای آن را نداد. این اندیشه را از آن روی می توان  «آواز قوی هاشمی» نامید که آخرین و به نظر نگارنده زیباترین برگ از زندگانی پربار وی را تشکیل می دهد. تاریخ انقلاب اسلامی، ایران و تشیع هرگز نمی تواند هاشمی و اقدامات او را فراموش کند. آیندگان چه با هاشمی موافق باشند یا مخالف، در اهمیت و اثر کارهای او البته اتفاق نظر خواهند داشت و در چنین وضعیتی، آخرین کار هاشمی شاید تابلویی در معرفی شخصیت چند بعدی او خواهد بود.
هاشمی مرد اندیشه و عمل بود؛ اهمیت کار او این بود که هر عملی و اقدامی را به محک نظر می سنجید و  برعکس، با هر ایده ای که مواجه می شد به چگونگی عملیاتی شدن و ساز و کار اجرای آن می اندیشید. به تعبیر ابن خلدون، برای هاشمی؛ «پایان عمل، آغاز اندیشه و پایان اندیشه آغاز عمل» بود. به همین جهت هم طرح ایده «آزاد اندیشی دینی» از طرف هاشمی اهمیت بسیار داشت. برخلاف دیگران که ممکن است هزار و یک ایده نو بدون راه حل عملی داشته باشند، هاشمی چنین نبود؛ او اگر اندیشه ای را می پذیرفت، البته به اجرایی کردن آن می اندیشید و البته هم یا راهی می یافت و یا راهی می ساخت.
هاشمی ایده آزاد اندیشی دینی را آگاهانه و باقدرت به سمت اجرا و نهادینگی می برد. گزارش کوتاه فوق شاهد این مدعا است. اما افسوس؛ افسوس که او دیر به این مهم همت نمود و باز هم افسوس که تقدیر چنین فرصتی را از او ، و مهم تر، از جامعه کنونی ایران گرفت. به رغم همه این ها؛ این که اندیشمند اهل عملی چون هاشمی رفسنجانی، حاصل عمر، و بخش پایانی زندگی خود را به ایده آزاد اندیشی دینی اختصاص داده و چنین چیزی را به «آواز قوی» عمر خود بدل نموده است، برای امروز و آینده جامعه ما، معنی و مفهوم قابل تأملی دارد.

 1 - http://www.khabaronline.ir/detail/506465/Politics/parties
 2  - http://www.ion.ir/News/59752.html

 3 - http://rafsanjani.ir/view.php?id=13228
4  - همان.
5  - همان.
6  - هاشمی رفسنجانی، آزاد اندیشی اسلامی و روشنفکری دینی، مجله حوزه، شماره 148و149، قم؛ دفتر تبلیغات اسلامی حوزه علمیه قم، پاییز و زمستان 1387، صص؛33-180.
7  - همان، ص33.
8  - اکبرهاشمی رفسنجانی،  آزاداندیشی اسلامی و روشن فکری دینی، تهران؛ دفتر نشر معارف انقلاب، 1391.
9  - مقدمۀ آیین نامه «شورای عالی آزاد اندیشی دینی».