21 اردیبهشت 1392 اکبر هاشمی به دلیل درخواست های متعدد مردم و برخی علما و سیاسیون که از او برای ثبت نام در انتخابات ریاست جمهوری شد سرانجام تصمیم به ثبت نام گرفت و بعد از ثبت نام هم از انصراف دادن حسن روحانی جلوگیری کرد. دو پیغام از سوی شورای نگهبان توسط حسن روحانی و علی لاریجانی به او رسید که از انتخابات انصراف بدهد اما حاضر نشد انصراف بدهد و گفت در صورت رد صلاحیت اعتراض نمیکند. در نهایت شورای نگهبان، رئیس جمهور دو دوره، نامزد یک دوره دیگر، عضو مجلس خبرگان و رئیس مجمع تشخیص مصلحت نظام را رد صلاحیت کرد. هاشمی مطابق وعده اش به رد صلاحیت اعتراض نکرد و رد صلاحیت را دلیلی بر رفع شدن مسئولیت از خودش و باعث رضایت خویش دانست.
حسن روحانی با بیش از 18 میلیون رای به عنوان رئیس جمهور برگزیده شد. او مورد حمایت هاشمی و اصلاح طلبان بود. هاشمی نقش زیادی در رای آوردن روحانی داشت و بعد از رد صلاحیت توانست موجی برای شرکت در انتخابات و رای دادن به روحانی بسازد. بعد از مراسم تنفیذ حسن روحانی و هنگام تحویل گرفتن پاستور از سوی رئیس جمهور جدید هاشمی و لاریجانی هم حضور داشتند. در روز برگزاری مراسم تحلیف، حسن روحانی همان روز فهرست کابینه را به مجلس داد. بسیاری از آنهایی که با هاشمی آشنایی داشتند و از نزدیکان او بودند در کابینه روحانی حضور داشتند. در اسفند 1392 در پاسخ به شایعاتی درباره اختلافش با روحانی این اختلافات را رد و از روحانی حمایت کرد.
آذر 1392 سیدمحمد خامنه ای، هاشمی را به آمریکایی بودن متهم کرد و گفت او چشم طمع به جایگاه رهبری داشته است. گفت وگوی او با مجله رمز عبور علاوه بر واکنش دفتر مجمع تشخیص مصلحت نظام با واکنش برخی از فعالان سیاسی و مطبوعاتی هم مواجه شد.
شهریور 93 رهبر انقلاب به دلیل کسالت در بیمارستان بستری بود و هاشمی برای عیادت نزد او رفت. سیدحسن خمینی در این دیدار او را همراهی میکرد.
19 اسفند 1393 مجلس خبرگان در پی انتخاب رئیس بود. پیش از این روز افراد مختلف به او گفته بودند رای لازم را دارد و حتی از 48 رای برای ریاست او بر خبرگان صحبت کرده بودند اما در روز رای گیری در نهایت این محمد یزدی بود که به عنوان رئیس مجلس خبرگان انتخاب شد.
23 فروردین 1394 در همایش بزرگداشت همسر مرحوم امام، حرفهایش جنجال برانگیز شد. از حق خوریها انتقاد کرد و از علامه سیدحسن خمینی و همسر امام(ره) تمجید کرد.
فروردین 1394 مهدی هاشمی، فرزندش که در دادگاه اولیه به 7 سال حکم محکوم شده بود این بار با اعتراضی که روی حکم شد، به 10 سال حبس محکوم شد.
12 اردیبهشت 1394 در دانشگاه صنعتی امیرکبیر در میان مخالفان و موافقان دانشجو حضور پیدا و سخنرانی کرد و حرفهایش باز هم باعث مخالفتهای برخی شد.
31 اردیبهشت 1394 در سالگرد تاسیس دانشگاه آزاد اسلامی که همواره بخش بزرگی از وقتش را به آن اختصاص میداد از برخی تنگنظریها و راه حلهای آن گفت. 9 خرداد 1394 در پیامی که به ستاد بزرگداشت شهادای نوق داشت، گلههایی از حملهها به دولت داشت. 10 خرداد 1394 در جمع مردم دزفول از دولت دفاع کرد و به رفتار دولت سابق کنایه زد.
23 تیر 1394 توافق نهایی برجام به ثمر نشست. توافقی که در داخل کشور هاشمی رفسنجانی یکی از حامیان اصلی به ثمر نشستنش بود. او همیشه تلاش کرد دولت بتواند پرونده هستهای ایران را به روال سابق برگرداند.
18 مرداد 1394 مهدی هاشمی راهی اوین شد. پیش از ورود به زندان خواستار منتشر شدن جزئیات دادگاه شد.
آذر 1394 در گفتوگو با ایلنا از رهبری شورایی دفاع کرد و با واکنشهای دیگران مواجه شد.
30 آذر 1394 در انتخابات مجلس خبرگان ثبتنام کرد. 12 بهمن 1394 با سخنرانی تندی که در مراسم سالروز بازگشت امام خمینی علیه شورای نگهبان کرد، به رد صلاحیت شدن سیدحسن خمینی اعتراض کرد. ترجیع بند او این بود: «چه کسی به شما صلاحیت داده؟» اسفند 1394 مخالفان لیست مورد حمایت او را در انتخابات مجلس خبرگان لیست انگلیسی خواندند، اما در نهایت همین لیست با آرای مردم پیروز شد. از افراد مورد حمایت او فقط یک نفر به مجلس خبرگان راه پیدا نکرد.
5 فروردین 1394 جمله ای تحریف شده که در توئیتر او منتشر شده بود، جنجالی شد. این جمله درباره قدرت موشکی ایران بود و در نهایت رهبری هم به آن واکنش نشان دادند.