گفته بود اگر روی گزینه های توانا اجماع شود در انتخابات ریاست جمهوری شرکت نمی کند، اما در نهایت با اجماع نکردن بر روی یک گزینه مطلوب تصمیم گرفت در انتخابات ریاست جمهوری شرکت کند. تصمیمی که تنها دو روز قبل از ثبت نام گرفت. سرانجام در این روز بعد از بحث ها و مشورت های زیاد در بیانیه ای کاندیدا شدنش برای ریاست جمهوری را رسما اعلام کرد.
انتخابات ریاست جمهوری برگزار شد. او در دور اول 6 میلیون و 160 هزار رای آورد و نفر اول انتخابات شد اما اکثریت آرا را کسب نکرد و با محمود احمدی نژاد که 5میلیون و 710هزار رای آورد، راهی دور دوم شد. در دور دوم 10 میلیون رای آورد و احمدی نژاد با 17 میلیون رای رئیس جمهور شد. هاشمی روز بعد نامه ای نوشت و تخریب گران و کسانی را که در انتخابات تاثیر گذاشتند، به خدا سپرد و شکایت پیش خدا برد. او از گزارش رئیس جمهور درباره تخلفات هم ناراضی بود و معتقد بود خاتمی از برخی تخلفات کوتاه آمده است.
هاشمی با تلخی آغاز دولت محمود احمدی نژاد را شاهد بود چرا که پیش از آن مجبور شده بود از تخریبها و سازماندهی های انتخاباتی شکایتش را نزد خدا ببرد. با این حال با تعامل با دولت شروع کرد اما کم کم با رویه های که دولت در پیش گرفت سکوت کرد. در دیدارهای خصوصی مختلف صدای انتقادش از شیوه مدیریت کشور شنیده می شد اما در مجامع و سخنرانیهای عمومی ترجیح میداد سکوت کند و همین سکوت را برای رئیس جمهور و وزرایش نوعی حمایت میدانست.
در دیدار 18 گروه اصلاح طلب به رفتارهای پیشین این گروه ها انتقاد کرد و همگان را از تفرقه برحذر داشت و در 15 مرداد 1384 در مراسم تحلیف محمود احمدی نژاد شرکت کرد. در مجلس خصوصی با هیات همراه و بعد از دیدار خصوصی با ملک عبدالله نگرانی اش را از اظهارات احمدی نژاد در سازمان ملل و روند پرونده هسته ای نشان داد و گفت "می شود هم انرژی هسته ای داشت و هم با مذاکره از رفتن پرونده به شورای امنیت جلوگیری کرد".
15 خرداد 1385 سخنران مراسم بزرگداشت قیام 15 خرداد در حرم حضرت معصومه قم بود که عدهای علیه او شعار دادند و او سخنرانی اش را کوتاه کرد مشکلات رئیس جمهور با هاشمی به مشکل دولت و دانشگاه آزاد اسلامی هم تبدیل شده بود. رئیس جمهور 5 نفر را مامور به تغییر اساس نامه دانشگاه آزاد کرد و هاشمی در این ماه 5 چهره جدید را به عنوان اعضای جدید هیات موسس معرفی کرد. در نهایت به دلیل آن که اساس نامه پیشین امکان تغییر یا پیشنهاد از جایی غیر از هیات موسس وجود نداشت، تنشها بین دولت و دانشگاه آزاد ادامه پیدا کرد.
24 آذر 1385 در انتخابات مجلس خبرگان شرکت کرد و با اختلاف نفر اول تهران شد. او تصمیم گرفته بود در انتخابات شرکت نکند اما رهبری شرکت در این انتخابات را بر او واجب کرد. در 20 بهمن 1385 قرار بود به دعوت استاندار قم به جلسه شورای اداری این استان برود و برنامه اش را برای این دعوت تغییر داد، اما با تماس احمدی نژاد و دستور به استاندار این جلسه لغو شد. در این روز در حضور دریادار محتاج، استاندار قم گفت از این واقعه خوشحال است و متاثر نیست. تاکید کرد از رویه مدیریت کشور راضی نیست و چون نمیخواهد به مردم دروغ بگوید، ترجیح میدهد سکوت کند.
13 شهریور 1386 بعد از مرگ آیت الله مشکینی مجلس خبرگان در این روز انتخابات رئیس مجلس را برگزار کرد و او با 41 رای در برابر 34 رای آیت الله یزدی رئیس مجلس خبرگان شد.
مهر 1387 در گفتوگوی خصوصی با رئیس ستاد سیاست گذاری ائمه جمعه در پاسخ به او برای تعریف از دولت در تریبون نماز جمعه گفت نمی خواهد مردم را بفریبد و از وضعیت مدیریت کشور انتقاد کرد. و در 2 آذر 1387 در جلسه سخنرانی برای دانشجویان دانشگاه صنعتی شریف در پاسخ به یک دانشجو اختلاف داشتنش با رهبری را رد کرد و گفت حجت دارد که در موارد اختلاف به نظر رهبری عمل کند.
موضع او برای انتخابات بعدی این بود که اگر از بین 4 نفر، لاریجانی، روحانی، ناطق نوری و ولایتی یکی از آنها نامزد شود از او حمایت می کند و به او رای می دهد. این اتفاق نیفتاد و با وجود آن که راضی به ادامه دولت نبود از کسی حمایت نکرد. اگرچه برخی اطرافیان و فرزندان او از میرحسین موسوی حمایت میکردند. در 13 خرداد 1388 احمدی نژاد در مناظره تلویزیونی با میرحسین موسوی مدعی شد هاشمی در سال 84 به یکی از سران عرب گفته دولت او شش ماهه سقوط می کند. هاشمی بارها تکذیب کرد. احمدی نژاد همچنین فرزندان هاشمی را به فساد متهم کرد و مجموعه ای را مقابل خود دانست که هاشمی آن را مدیریت میکند. در 14 خرداد 1388 رهبری در سخنرانی بزرگداشت امام(ره) به طور کلی تخریب ها را نکوهش کرد اما نامی از طرفین نبرد. در این روز هاشمی کاغذی به احمدی نژاد داد و صحبت های او را رد کرد و از او خواست چون دروغ گفته جبران کند. رئیس جمهور البته این کار را نکرد. 19 خرداد 1388 نامه ای به رهبری نوشت و از صحبت ها و اتهامات و روند مدیریت محمود احمدی نژاد انتقاد کرد و اتهامات را رد کرد. از رواج تهمت ها و بی اخلاقی ها گفت و بر برگزاری انتخاباتی سالم تاکید کرد. 23 خرداد 1388 در جلسه مجمع تشخیص مصلحت نظام انتقادهایی به روند برگزاری انتخابات مطرح شد. هاشمی به تمام شدن تعرفه ها و دیر رسیدن آنها انتقاد کرده بود. در جلسه ای با حضور مهدی کروبی، سیدحسن خمینی و میرحسین موسوی توصیه کرد اعتراضشان به انتخابات براساس قانون باشد. تاکید کرد در جریان کارهای آنها نیست و مسئولیتی ندارد اما توصیه به عمل به قانون کرد.
29 خرداد 1388 مقام معظم رهبری به اتهاماتی که در مناظره ها زده شده بود تاخت و از اکبر هاشمی تمجید کرد. او همچنین از اتهام زدن به رئیس جمهور هم انتقاد کرد و البته گفت در مدیریت کشور نظرش به رئیس جمهور نزدیکتر است تا هاشمی. 26 تیر 1388 او امام جمعه تهران در این روز بود و نظر قطعی اش را درباره انتخابات 88 و حوادث بعد از آن در خطبه های نماز ارائه کرد و تا پایان هم بر آنها تاکید داشت. او ابراز امیدواری کرد این نماز که گروه های مختلف در آن حاضر بودند زمینه ساز حل مشکلات کشور و ایجاد وحدت شود. این آخرین خطبه هاشمی در نماز جمعه بود و او به دلیل برخی مشکلاتی که برای نماز پیش آمد دیگر در نماز جمعه شرکت نکرد. بعدتر هم فرصت بازگشت او به نماز جمعه فراهم نشد. تیر 1388 با وجود برخی اعتراض ها در دیدارهای دوستانه نشان داد که هم مواضع خود را حفظ کرده و هم ارادتش به رهبر انقلاب اسلامی را نگه داشته است. به کسانی که به دیدار او می رفتند و از رفع اختلاف صحبت میکردند میگفت اختلافی نیست و به نظر رهبری عمل میشود.
10 مرداد 1388 اعترافات سیدعلی ابطحی از تلویزیون و در دادگاه پخش شد که در آنها گفت هاشمی و سران اصلاحات هم قسم شده اند شورش کنند. دفتر اکبر هاشمی اظهارات او را تکذیب کرد.
12 مرداد 1388 حاضر نشد به مراسم تنفیذ رئیس جمهور برود و حکم رهبری را به او بدهد.
30 مرداد 1388 از مسئولان و معترضان خواست به قانون عمل کنند و تخطی از قانون ضد ارزش باشد و رویه نشود. 7 شهریور 1388 هیات موسس دانشگاه آزاد اسلامی وقف دانشگاه آزاد اسلامی را اعلام کرد اما بعدتر با فشارهای بیرونی و اظهارنظر رهبری وقف متوقف شد. در 27 شهریور 1388 هاشمی همیشه سخنران راهپیمایی روز قدس بود اما این بار او در خطبه ها حاضر نشد و در حالی که برخی از جمعیت را معترضان به انتخابات تشکیل میدادند، صرفا در راهپیمایی شرکت کرد. در 31 شهریور 1388 اجلاس سالانه مجلس خبرگان برگزار شد و در این اجلاس آیات خزعلی و علم الهدی به او تاختند. او البته در جلسه خصوصی از اتهاماتی که به او زدند، دفاع کرد و از رابطهاش با رهبری گفت. بیانیه پایانی اجلاس را هم با سه شرط تایید کرد که باعث تغییراتی در بیانیه شد.
آذر 1388 رهبری پیشتر به ایما و علی لاریجانی، رئیس مجلس شورای اسلامی در این ماه در اختتامیه جایزه جلال با نام بردن از هاشمی از او دفاع کردند. فضای تخریب هاشمی از پیش از انتخابات آغاز شده بود و همچنان ادامه داشت و بسیاری به دنبال حذف کامل او بودند. روحانی هم از جمله کسانی بود که از او در این شرایط دفاع کرد. 6 بهمن 1388 یک بار دیگر بعد از جمله آیت الله یزدی به او پاسخ گفت. در جمع استادان علوم سیاسی قم گفت که چون این بار بوی توطئه می آید درباره مسائل یزدی در دوره امام، انتخاب رهبری و قوه قضائیه به صورت مکتوب به او پاسخ خواهد گفت. اما روز بعد احمد خاتمی بین دو نفر پادرمیانی کرد و از او خواست به مشاجره ادامه ندهد و او پذیرفت.
فروردین 1389 صداوسیما تصویر هاشمی را دیگر به نمایش نمیگذاشت مگر آن که مطلبی درباره فتنه گری او گفته شود. در اسفند 1389 ریاست مجلس خبرگان را مهدوی کنی کسب کرد. هاشمی رضایت داشت که مهدوی کنی نامزد ریاست شود و مهدوی هم بعد از کسب ریاست گفت هاشمی این منصب را به او تفویض کرده است.
دی 1390 در جلسه ای پرتنش که در آن حتی به هاشمی اهانت شد، فرهاد دانشجو برادر وزیر علوم وقت جانشین عبدالله جاسبی در ریاست دانشگاه آزاد اسلامی شد. دولت سرانجام توانسته بود در شورای عالی انقلاب فرهنگی بدون پیشنهاد هیات موسس اساسنامه دانشگاه آزاد اسلامی را تغییر دهد و اعضای هیات امنا را به نوعی تغییر دهد که بتواند رئیس دانشگاه آزاد اسلامی را تعیین کند.
در ماه فروردین در سلسله مصاحبه هایی با خبرگزاری شفقنا به مسایل مهم فقهی،سیاسی،فرهنگی و اجتماعی پرداخت. در خرداد ماه ایراد سردار اسماعیل کوثری از خاطرات هاشمی باعث انتشار اسنادی غیرقابل انکار برای صحت خاطرات شد. در تیر ماه در دیدار سفیر اسپانیا در ایران به اتحادیه اروپا توصیه کرد که از سوظن خود نسبت به جمهوری اسلامی ایران را کاهش دهند. در ماه مهر فائزه هاشمی برای گذران 6 ماه محکومیت خود بازداشت و روانه زندان اوین شد و مهدی هاشمی برخلاف توصیه های قبلی برخی مسئولان پس از سه سال زندگی در خارج وارد ایران و روز بعد بازداشت شد و 87 روز را در انفرادی گذراند.