پدر بانو مرعشی به نوق رفته بود که پدر اکبر هاشمی را دیدار کند. پدر اکبر همانجا دختر را برای پسرش خواستگاری کرد و موافقت را گرفت. بانو مرعشی ابتدا ناراحات شد که بدون گفتن به او رضایت داده اند. اما بعد تر اخوان مرعشی که پسر عموهای پدرش بودند. وساطت کردند و با استخاره ذات الرقاع آنها که خوب آمد، با ازدواج موافقت شد.
کانون هنر که در آن همراه با برادران در قم و شهررهای دیگر ایران ماشین نویسی می کردند را تاسیس کرد. اولین شماره مجله «مکتب تشیع» را با مقاله ای بلند و محققانه همراه با آقایان باهنر، صالحی کرمانی و مهدوی کرمانی و با استفاده از قلم نویسندگانی هم چون آیت الله طالقانی و علامه طباطبایی، آذری قمی و مکارم شیرازی منتشر کردند. این نشریه باب آشنایی بیشتر او با اندیشمندان مسلمان را بازکرد. افرادی نظیر آیت الله بهشتی یا حتی اشخاصی همانند یدالله سحابی موثر بودند. به خواست آیت الله بروجردی طلبه های برای تبلیغ از کشور انتخاب می شدند و به آن ها در مدرسه سپهسالار تهران دروسی مثل جغرافیا، ر یاضی و ... داده می شد. اکبر هاشمی یکی از 10 طلبه تابستان این سال بود. محمد مفتح، مهدوی کنی، نوری همدانی، امامی کاشانی و تعدادی دیگر هم جز آن ها بودند.
حوزه تعطیل بود و خانواده در رفسنجان بودند، نزدیک و قریب بودن ایام به زمان گرامیداشت شهادت دختر رسول اسلام، شیخ اکبر هاشمی رفسنجانی نام اولین فرزندش را که دختر بود فاطمه گذاشت. کتابی به عنوان «خانواده های خوشبخت» برای شرکت در مسابقه یکی از موسسه های فرهنگی وابسته به وزارت فرهنگ نوشت.
آیت الله بروجردی در گذشت و تشیعی خیره کننده برگزار شد. نام های زیادی برای مرجعیت مطرح بودند. شیخ اکبر هاشمی به آیت الله روح الله خمینی گرایش داشت. هرچند که نام های دیگر با استقبال بیشتری مواجه بودند. دومین فرزندم که پسر بود به دنیا آمد و به دلیل تقارن با ایام فاطمیه نامش را هم نام با فرزند به دنیا نیامده حضرت زهرا(س) محسن انتخاب کردم.
در مبارزه های دو ماه مقابل انجمن های ایالتی و ولایتی مشارکت فعال داشت . این نخستین اعتراض جمعی علما به شاه بود. قید قرآن و اسلام از سوگند نمایندگی مجلس حذف شده بود. اعتراض امام به حق رای زنان هم با این لحن بود که شما به مردان هم آزادی و رای نداده اید . اکبر هاشمی شبکه ای گسترده برای توزیع مجله مکتب تشیع تشکیل داده بود و از همان شبکه برای توزیع اعلامیه ها و اعتراض ها استفاده کرد. مبارزه در نهایت به نفع روحانیت پایان یافت. سومین فرزند و دومین دخترش فائزه به دنیا آمد. در تحریم رفراندوم موارد شش گانه اصلاحات شاه هم حضوری فعال داشت. اصلاحاتی که شاه آن ها را انقلاب سفید خوانده بود. شعارهای اجتماعی ای داشت که در کردن آنه ها دشوار بود. اصلاحات ارضی-ملی کردن جنگل ها ، فروش سهام کارخانه، سهیم کردن کارگران، ایجاد سپاه دانش و ... همگی بندهایی بودند که مخالفت با آن ها به معنی حمایت از سرمایه داران و مالکان تصور می شد. روحانیت اما به شاه و مقاصدش و حتی شکل اجراییش بدبین بود و آن را برای فریب مردم می دانست.
با امام خمینی(ره) وقتی در مرخصی سربازی بود، دیدار کرد و به او گفت زمینه پذیرش افکارش در پادگان ها زیاد است و حضور طلبه ها در پادگان مفید است و موافقت امام خمینی(ره) را هم به دست آورد که ممکن بود تحت فشار باشد که امتیازی برای این سربازها بگیرد. امام(ره) گفته بود مردم نه به دلیل شهادت امام جعفر صادق(ع) بلکه به دلیل مصیبت هایی که حکومت ایجاد کرده، عید ندارند. سه مراسم روضه در دوم فروردین در منازل آیات خمینی(ره)، شریعتمداری و فیضیه قم به میزبانی آیت الله گلپایگانی برگزار میشد. شیخ اکبر به فیضیه رفت و شنید در منزل امام مراسم است. به منزل امام رفت اما چون خبری نبود، به سمت فیضیه برگشت و با صحنه فرار طلاب مواجه شد. فیضیه به خون کشیده شده بود؛ اتفاقی که اعتراض ها را علنی به سمت شاه و نه به دولت کشاند.
گروه 11 نفرهای در حوزه تشکیل شد که اکبر هاشمی رفسنجانی، سیدعلی خامنه ای (رهبر معظم انقلاب اسلامی)، سیدمحمد خامنه ای، محمدتقی مصباح، احمد آذری قمی و... از اعضای آن بودند. عضدی آمد و گفت میخواهم به تو عیدی بدهم. تو هم یک عیدی به ما بده. عیدی ای که من به تو می دهم این است که آزادت می کنم. عیدی ای که تو به من می دهی این است که ما را در ریشه کن کردن این تروریست ها کمک می کنی و اطلاعاتت را به من می دهی... چون شنیده بودم آقای حکیم دخالت کرده اند و بناست این ها من را آزاد کنند تا حدودی پشت گرمی داشتم. محکم ایستادم و گفتم شما جلادید. این چه برخوردی است که با من کردید؟ برگشت و گفت تو خیال کردی ما از آقای حکیم یا از آقایان دیگر می ترسیم؟ دوباره برنامه شدیدی در مورد من اجرا شد و مرا شکنجه سختی دادند. نمی دانم چقدر طول کشید: مشت، لگد، اهانت، فحاشی، دستبند قپانی، پیچاندن دست، گرفتن و کشیدن مو و گاهی سوزاندن با سیگار، یک جور خاصی دستبند میزدند، از پشت میکشیدند و من را می انداختند. نوعی تحقیر بود. خیلی به من سخت می گذشت... گفت ما می دانیم یک پای تو شکسته، تو را نمی بریم برای معالجه. باید زیر شکنجه بمیری، خرجت نمی کنیم. من روی همان موضع ماندم و هر چه سؤال کردند، بیش از آنچه نوشته بودم چیزی نگفتم.
محمد مصدق یادداشت همراه با تمجیدی برای کتاب سرگذشت فلسطین نوشت: «حیفم آمد این کتاب در گوشهای بماند و مورد استفاده قرار نگیرد». مصدق پولی هم برای رایگانکردن کتاب برای علاقهمندان کنار گذاشته بود. در برنامهریزی برای اعتراض به تبعید امام در روزهایی که مبارزه به رکود نزدیک میشد، فعال بود. برای اعتراض از سخنرانیهایماه رمضان استفاده کردند.
انتشار نشریه های انتقام و بعثت در این روز آغاز شد. در این نشریه ها با افرادی مثل محمدتقی مصباح یزدی، سیدمحمود دعایی، مهدی عراقی، سیدهادی خسروشاهی و علی حجتی کرمانی همکاری می کرد. یکی از آنها ایدئولوژیک بود و دیگری سیاسی و میدانی.
امام خمینی(ره) در سخنرانی تندی علیه کاپیتولاسیون موضع گرفت: «ما زیر چکمه آمریکا برویم چون ملت ضعیفی هستیم؟» امام اعلامیهای هم علیه کاپیتولاسیون آماده و تأکید کرد چون بازداشت میشود اعلامیه سریع منتشر شود که مردم در جریان قرار بگیرند.
مهر 1343 از امام خمینی(ره) ماموریت گرفت که مصوبه قانون کاپیتولاسیون را بررسی کند و نتیجه را به او برساند. هاشمی اسناد موضع تاریخی امام(ره) علیه کاپیتولاسیون را که بعدتر موجب تبعید امام شد، جمع آوری کرد. 30دی 1343 شب در هیأت مهدی عراقی در پیروزی تهران سخنرانی کرد و گفت: شما فکر میکنید مردم ایران بخار ندارند، اما بخارایی دارند.
1بهمن 1343 حسنعلی منصور، نخستوزیری که حکم تبعید امام خمینی(ره) را داده بود، از سوی شاخه نظامی موتلفه اسلامی ترور شد. بعدها ادعا شد اکبر هاشمی فتوای قتل و اسحله را برای موتلفه گرفته اما هاشمی بعدتر هر دو را رد کرد. 7بهمن 1343 سخنرانیاش در مسجد جامع همراه با اعتراض به لایحه کاپیتولاسیون و تبعید امام بود. کاپیتولاسیون را شبیه ترکمنچای خواند. یک هفته بعد از هیأت زینبیه به نزولخواری بانکها اعتراض کرد. 29بهمن 1343 امضایش پای نامه اعتراضی علما به وضعیت خفقان، زندانها و تبعید امام بود.
7و 8اسفند 1343 سالگرد قمری حمله به مدرسه فیضیه برگزار شد و هاشمی از «تحریککنندگان» خوانده میشد. دستور بازداشت او به اتهامات مختلفی که در یکماه اخیر پروندهاش را سنگین کرده بود، صادر شد. 11 اسفند 1343 در کوچه و بعد از چندبار دست به سر کردن ماموران، بازداشت و دستگیر شد. به زندان قزلقلعه تهران برده شد و از 14اسفند بازجوییها آغاز شد. شکنجههای اولیه سختترین شکنجههای او در تمام مدت زندانیشدنش بوده. اصرار داشتند او را به ترور منصور، برنامهریزی برای ترور شاه و چند چیز دیگر متهم کنند و بهشدت شکنجه میکردند. شلاق گوشت را برده بود و استخوانش هم شکسته بود. با لباس مبدل به بیمارستان نظامی حسنآباد برده و درمان شد. ساواک اجازه رهاییاش را با وجود وساطت برخی علما نداد.
27اسفند 1344 همراه با تعدادی از روحانیون در منزل آیت الله مرعشی نجفی جمع شدند و به تبعید امام اعتراض کردند. دی 1344 در اصفهان منبر رفت اما ساواک او را به قم بازگرداند.
مهر 1344 مکان تبعید امام(ره) از ترکیه به نجف تغییر کرد و راه ارتباط او با شاگردان آسانتر شد. گروه 11نفره برنامههایی برای خروج مبارزه از رکود داشت: اعلامیه، تعقیب مسئله امام و تلاش برای برگرداندن ایشان به حوزه، گرم نگهداشتن تنور مبارزه، تشکیل جلسات عمومی به هر مناسبت، دعای توسل در مساجد بالاسر، ذکر صلوات در جلسات عمومی به مناسبت اسم امام. با مراجع هم صحبت میکردند و از آنها میخواستند برای اعتراض به تبعید امام کاری کنند. 14تیر 1344 از زندان آزاد شد. پیش از آزادی کامرانی، همدست رضا شمسآبادی در ترور نافرجام شاه را در زندان دیده بود.
فروردین 1345 اعلامیهای با عنوان «اعلام خطر» منتشر کردند.
خرداد 1345 اساسنامه گروه 11نفره که با خط مخصوصی رمزنگاری شده بود، در کتابفروشی احمد آذری قمی از سوی ساواک کشف شد و یکبار دیگر تحت تعقیب قرار گرفت. جز آقای آذری قمی، منتظری و ربانی شیرازی که بازداشت شدند و آقای قدوسی که به واسطهای بازداشت نبود، اما در خانه بازجویی میشد. بقیه اعضا، زندگی مخفیانه آغاز کردند. هاشمی به همراه آقای خامنه ای خانهای در خیابان ایران اجاره کردند. طبقه اول در اختیار آقای هاشمی و طبقه دوم در اختیار آقای خامنه ای بود و سهم اجاره طبقه دوم 200 تومان از 420تومان بود. در همین زندگی مخفیانه کار روی کتابی درباره امیرکبیر را آغاز کرد که چند سال بعد منتشر شد. اوایل این سال با همکاری بازاری ها و تعدادی از مبارزان، مدرسه رفاه و بعد بنیاد فرهنگی رفاه را تاسیس کردند؛ مدرسهای که هم مشکلات فرهنگی تحصیل دختران متدینین را حل میکرد و هم پایگاهی برای مبارزه بود. محمدعلی رجایی و محمدجواد باهنر مسئول سامان بخشیدن به مدرسه شدند. مدیریت مدرسه به پوران بازرگان، همسر لطفالله میثمی داده شده بود. نیمه اول سال برای اکبر هاشمی به روضه های هفتگی می گذشت؛ روضه هایی که با انتقاد او از اوضاع مملکت و بانک ها و دعایش برای مراجع و برادران مسلمان عرب همراه بود. با برخی بازاریان جلسات هفتگی داشت و در جلسات کانون نشر حقایق علوی، مکتب هدایت و مکتب جعفری و جلسه لباس فروش ها شرکت می کرد.
مهر 1346 برای اعتراض به جشن پرهزینه تاجگذاری فرح اعلامیهای به نام «عزایی به نام جشن» نوشت و به آقای دعایی برای چاپ داد. بخشی از اعلامیهها را برای توزیع به مصطفی میرخانی و جعفری اصفهانی داد. با دستگیری این دو نقش او هم در نوشتن اعلامیه لو رفت. 12آبان 1346 چند مأمور به خانه آمدند و او را مودبانه بردند. 20آبان 1346 به زندان قزلقلعه تهران برده شد. 13آذر 1346 در زندان بود اما نامش در میان روحانیونی که منبرماه رمضان برایشان ممنوع اعلام شده بود، وجود داشت. 20آذر 1346 به زندان قصر منتقل شد. آنجا کمون تودهایها، از اعضای حزب توده که اتاقهای مجزا داشتند، دستگیرشدگان 15 خرداد، بخشی از اعضای موتلفه، برخی از اعضای نهضت آزادی و برخی دیگر حضور داشتند. حبس او در مجموع حدود 90 روز طول کشید چون مسئله چندان جدی نبود. 17بهمن 1346 از زندان آزاد و خانهاش شلوغ شد. روزهای باقیمانده سال را به ملاقاتهایی گذراند که برای ساماندهی مبارزه ترتیب میداد.
1347 پدر همسرش بعد از دورهای بیماری در بیمارستان درگذشت. بین سیدعلی خامنه ای، اکبر هاشمی رفسنجانی، محمد جواد باهنر و سیدعلی حسینی بهشتی تقسیم کاری به وجود آمد که دو نفر اول در بخش مبارزه و دو نفر دوم در بخش فکری فعال تر باشند. بهشتی معتقد بود باید نیرو تربیت کنند و هاشمی و خامنه ای معتقد بودند اگر مبارزه برای تربیت نیرو تعطیل شود، همه چیز از یاد می رود. منبرهای اعتراضی او در همه این سال هم ادامه داشت. ساخت خانه ای در قلهک را تمام کرد که نشان داد از خانه سازی میشود درآمد کسب کرد. به این کار ادامه داد و درآمدهایش کمک خوبی برای نیروهای مبارز بود.
برای کمک به افراد ممنوع المنبر چاره اندیشی می کرد. برای مثال، ساعات کار آنها را از پیش می خرید و مثلا برای تحقیق در نهج البلاغه می گذاشت. در همین سال طرح تحقیقی برای زندگینامه سیاسی ائمه را پیش بینی کرده بودند و آن را بین جمعی از همکاران پخش کرده بودند. این طرح 15 بخش و 120عنوان داشت. در روزهای آغازین سال کتاب «امیرکبیر؛ مرد مبارزه با استعمار» توسط انتشارات فراهانی منتشر شد. شهریور 1348 خانه های جدیدی که در قلهک می ساخت، آماده شد و به یکی از آنها اسباب کشی کرد. دو خانه را هم به بهشتی و مفتح فروخت. اوضاع زندگی بهتری پیدا کرده بود و با بهشتی و مفتح هم همسایه بود. آذر 1348 در همین سال ممنوع المنبر شد. اما به همراه چند روحانی دیگر به چاره اندایشی پرداختند و به آقای فلسفی گفتند دیگر مانند گذشته منبر نمی روند و صرفا مردم را ارشاد میکنند. به همین دلیل با وساطت فلسفی از آذرماه توانست مجوز حضور در منبر را بگیرد. دی 1348 به مقالات ضدحجاب مجله زن روز اعتراض کرد. از شهید مطهری خواست مطلبی در پاسخ بنویسد اما او سکوت را ترجیح داد. کتابخانه هیأت انصارالحسین را هم تاسیس کرد. بهمن 1348 امام بحث ولایت فقیه را در نجف آغاز کرده بود؛ درسی در 13جلسه که تا 20 بهمن ادامه داشت. بحثها از رادیو فارسی عراق پخش میشد. هاشمی به عبدالمجید معادیخواه سپرد که به فکر تکثیر درسها باشند. سعیدی درسها را از رادیو پیاده کرده بود و برای تکثیر آماده کردند. فعالیت هایش دوباره باعث احضارش از سوی ساواک شد. ابلاغ کردند که باز هم ممنوع المنبر است و اگر ادامه بدهد تحت تعقیب قرار میگیرد.
12خرداد 1349 آیت الله حکیم درگذشت. قرار بودهاشمی و 69روحانی دیگر برای تقویت مرجعیت آیت الله خمینی نامه تسلیت به او بنویسند و به نجف مخابره کنند. تصمیم بر این شد مراسمی برگزار کنند و در مجلس فاتحه تلگراف را هم امضا کنند. اما روز 18خرداد که مراسم برگزار میشد، برخی پا پس کشیدند و مراسم به خوبی انتظارشان نشد. جلسات برخی روحانیون که بعدتر منجر به تشکیل جامعه روحانیت مبارز شد، سال قبل آغاز شده بود. در سال 49چون حس کردند ساواک در جلسات نفوذ دارد، تصمیمات اساسی را به بیرون جمع بردند و ظاهر را حفظ کردند. با روحانیونی مثل منتظری و بهشتی و مطهری رفاقت داشت. به دیدار منتظری در تبعید خلخال هم میرفت و اجازه برخی کارهای شرعی را بهدلیل در دسترس نبودن امام از او میگرفت. دی و بهمن 1349 مدام به خانهاش میرفتند که به ساواک احضارش کنند اما او را پیدا نمیکردند. 19بهمن سرانجام به ساواک رفت و تذکر گرفت.
سازمان مجاهدین خلق اعلام موجودیت کرده بود و هاشمی مثل سیداحمد خمینی، آقایان منتظری، طالقانی و مطهری و بسیاری دیگر از امام خواسته بودند از آنها حمایت کند. هاشمی در نامهای که به وسیله صادق قطبزاده در فرانسه نزد امام فرستاده بود، از امام خواسته بود از آنها حمایت کند اما امام نظرات هیچکدام را نپذیرفته بود. مرداد 1350 قرار بود 5 شب در مجمع ادبی اسلامی جوانان قزوین سخنرانی کند. سخنرانی شب اول در 29مرداد باعث شد جلوی سخنرانی شبهای دیگر گرفته شود و او را به تهران برگردانند.
13مهر 1350 قرار بود جشنهای 2500سال شاهنشاهی از 20 مهر آغاز شود. پیش از آغاز جشنها گروهی از روحانیون را بازداشت کردند که اعتراضی شنیده نشود. اکبر هاشمی یکی از آنها بود. یک هفته قبل از آغاز جشنها بازداشت و روانه قزلقلعه شد. در زندان متوجه شد بهدلیل نامهاش به امام بازداشت شده. بازجوییها آغاز شد اما شکنجهها به سختی شکنجههای سال 43نبود. مهر، آبان و آذر 1350 2ماه اول زندان را در انفرادی گذراند. اوقاتش را با حفظ قرآن پر میکرد. درماه رمضان هنگام افطار در همان سلول انفرادی برای سلولهای دیگر سخنرانی میکرد. بعد از چند روز متوجه شدند و فردایش با مشت و لگد به جانش افتادند. آذر 1350 به بند عمومی برده شد که در آن با برخی رفتارهای زاهدانه اعضای سازمان مجاهدین خلق که بعدتر مشخص شد نمایشی است، آشنا شد. براساس همین رفتارها نگاه مثبتی به آنها پیدا کرد و بعد از آزادی همراه با برخی همراهان تصمیم گرفت تشکیلات جدیدی ایجاد نکنند و مانع گرایش جوانها به آنها نشوند. در زمستان امام موسی صدر برای دیدار با شاه و وساطت برای زندانیان و اعدام نشدن کادر مرکزی سازمان مجاهدین خلق به ایران آمد. همسر هاشمی از برادر امام موسیصدر خواسته بود برای هاشمی هم وساطت کند؛ وساطتی که درباره اعضای مرکزی سازمان بینتیجه بود و آنها اعدام شدند. اسفند 1350 به زندان عشرتآباد منتقل شد و نوروز را در آنجا گذراند. درسی قرآنی در زندان داشت و آنجا با روحیه مادیگرای مجاهدین خلق آشنا شد.
6شهریور 1351 در رفسنجان بازداشت و به کرمان و بعد به تهران و زندان قزلقلعه فرستاده شد. علت شرکت همسرش در تحصن اعتراضی خانواده زندانیان در منزل آیت الله شریعتمداری بود. گفتند تحصن را هاشمی راه اندازی کرده است درحالی که خودش آن زمان در زندان بود. 19مهر 1351 از زندان آزاد شد. بهمن 1351 محرم و صفر فرارسیده بود و نامش در صدر لیست ممنوعالمنبرها بود 1351 دادگاهش برگزار و به 7ماه حبس محکوم شد. پیش از محاکمه همه این مدت را در حبس مانده بود و 7اردیبهشت آزاد شد.
برای ساواک جا انداخت که تنها فعالیت سیاسیاش ارتباط با برخی سفارتخانههای عربی برای جمعآوری کمک به فلسطینیان است و کار دیگری نمیکند. ساواک او را تحت نظر داشت اما چیزی دستگیرش نمیشد. ساختوساز خانه را هم ادامه میداد که کمکی برای خودش و مبارزان بود.
گزارش محمدعلی رجایی از مبارزه های خارج از کشور ترغیبش کرد خودش وضعیت را از نزدیک ببیند. به ترکیه و سپس بلژیک رفت و از آنجا زمینی به آلمان، فرانسه، هلند، سوئد، انگلستان و ایتالیا رفت. سفر اول به اروپا برای شناسایی به منظور راهاندازی تشکیلاتی در خارج از کشور بود. در این سفرها با ابوالحسن بنی صدر، صادق قطب زاده، حسین باقرزاده، صادق طباطبایی و حسین طارمی دیدار کردند. پس از بازگشت از اروپا به ترکیه به روسیه و لبنان رفتند. در لبنان با امام موسی صدر و یاسر عرفات دیدار کرد.
1354 به ابوالفضل تولیت، ثروتمند قمی که میخواست ثروتش را وقف کند، توصیه کرد که این وقف در راه مبارزه باشد. در هیأت مدیره شرکتی که برای اموال او تشکیل شده بود، حضور داشت. مهدی بازرگان و محمدجواد باهنر، یدالله سحابی و احد صدر حاج سیدجوادی اعضای دیگر هیأت مدیره بودند. پول را با تصمیم هیأت مدیره برای کمک به مبارزه داخل و خارج ایران به کار میگرفتند. اردیبهشت 1354 پیش از اعلام تغییر ایدئولوژی سازمان مجاهدین خلق مطلع شد و کمک به سازمان را قطع کرد. با بهرام آرام از سران سازمان در شرایطی خطرناک دیدار کرد که او را از اعلام رسمی تغییر ایدئولوژی منصرف کند اما بحث فایدهای نداشت. خرداد 1354 برای توجیه بری گروههای خارج از کشور درباره گرایش مارکسیستی سازمان و جلوگیری از اعلام موضع مارکسیستی از سوی برخی اعضای خارج از کشور و امکان حمایت بیشترش از فعالیتها از محل ثروت تولیت به کشورهای منطقه، اروپا و آمریکا سفر کرد؛ سفری که در آن میتوانست بهخود تولیت که در سفری خارجی بود هم با امنیت بیشتر ملاقات کند. ابتدا به ژاپن، بعد به پاکستان، سپس به سوریه و بعد به لبنان رفت. بعد از لبنان به بلژیک رفت و خانوادهاش هم به آنجا آمده بودند. سپس به پاریس رفت و با دانشجویان ایرانی و دوباره امام موسی صدر که به فرانسه آمده بود، ملاقات کرد. انگلستان و ایتالیا و ترکیه مقاصد بعدی اش بودند. خانواده را به ایران فرستاد و خودش به سوریه رفت که مقدمات سفر به عراق و دیدار امام را مهیا کند.
20آبان 1354 می دانست بازگشت به ایران به معنی بازداشت است اما به ایران برگشت. در مرز گذرنامه اش را گرفتند. 1آذر 1354 10 روز بعد از بازگشت از سفر بازداشت شد. براساس اعترافات وحید افراخته و مهدی غیوران که ملاقات با احمد آرام در خانه او انجام شده بود، بازجویی می شد. شکنجه دوباره برای اعتراف به مبارزه مسلحانه آغاز شد. در شکنجه ها با لاهوتی در شرایطی که بهشدت شکنجه شده بود، روبه رو شد. مهر 1354 هاشمی با استفاده از گذرنامه جعلی به عراق و دیدار امام رفت. درباره امام موسی صدر، مجاهدین خلق، مسائل داخلی و پایگاه انقلابی در اروپا با امام صحبت کرد. با مصطفی خمینی هم درباره امام موسی و ترویج مرجعیت آیت الله خویی از سوی او صحبت کرد. بعد از دیدار با امام دوباره برای رفع اختلافات به اروپا و سپس به آمریکا رفت. در آمریکا با ابراهیم یزدی دیدار کرد که مقیدتر از قطبزاده و بنیصدر به قواعد اسلامی بود. براساس برنامه او انجمن اسلامی دانشجویان آمریکا را ملاقات کرد و تماشاگر جلسه شورای امنیت و سازمان ملل شد. بعد از آن با کمک برادرش 20 ایالت آمریکا را بهصورت فشرده دید.
با استفاده از حافظه اش و با وجود شکنجه ها در انفرادی و بدون استفاده از قلم و کاغذ و قرآن، طرح تفسیر قرآن را آغاز کرد. پیش از پایان انفرادی در ذهنش کلی ایده را پرورانده بود و با رفتن به بند عمومی شرایط مهیأ تر شد. همسرش بعدتر در ملاقات ها دفاتر خالی میآورد و فیش برداری ها را با خود می برد. سرانجام 22دفتر پر شد.
پس از ایجاد فضای باز سیاسی از طرف رژیم، از کمیته مشترک ضدخرابکاری به زندان اوین برده شد و در بندی بود که به بند علما معروف شده بود. آیات طالقانی و منتظری، مهدی عراقی، مهدوی کنی و... ازجمله افراد حاضر در بند بودند. به محض حضور در زندان فتوای حرمت مراوده با کمونیست ها را امضا کرد. او، لاهوتی و منتظری بیش از دیگران شکنجه می شدند. با روی کار آمدن کارتر در آمریکا و گرایش به ایجاد فضای باز کمی فضای زندان هم تحتتأثیر قرار گرفت و فضا بازتر شد. بحثها درون زندان بین اسلام و مارکسیسم شاید حتی داغتر از بیرون زندان بود. خرداد 1356 دادگاه او برگزار شد. تیر 1356 به 6سال حبس محکوم شد. تقاضای تجدیدنظر کرد و پرونده دوباره به دادگاه برگشت. مرداد 1356 جلسات تجدیدنظر برگزار شد و در نهایت حکم او به 3سال کاهش پیدا کرد. آبان 1356 خبر مرگ مصطفی خمینی را در زندان شنید. مصطفی خمینی، فرزند امام روز اول آبان درگذشته بود و مراسم ختم او را افراد مختلف برگزار کردند. بعد از واکنش مردم به مرگ فرزند امام بود که دستور نوشته شدن مقاله ای علیه امام در روزنامه اطلاعات داده شد. این دستور و واکنش مردم قم به چلههای اعتراض منجر شد؛ چهلمهایی که برای اعتراض به شهادت مردم در شهرهای مختلف برگزار میشد. دی 1356 کتاب فلسفه تاریخ حبیبالله پیمان بهدست او رسیده بود. پیش از زندان قرار بود با همکاری پیمان و جواد باهنر در مقابله با فلسفه مادیگرای مارکسیستی بنویسند. معتقد بود کتاب هم تحتتأثیر فلسفه مادی است. نقدی بر کتاب نوشت و به باهنر رساند که برای اصلاح کتاب استفاده کنند و خود کتاب «ارزشها و مکتبها» را نوشت .